Суда отряда 7 мая пришли на вид Анконы и блокировали крепость. Предложение о сдаче французы отклонили, союзные суда начали бомбардировку крепости.
С 12 по 27 мая блокада прерывалась, так как корабли уходили к берегам Исгрии за пресной водой и провиантом 27 мая корабли вновь пришли к Анконе. 2 июня десантом был взят город Фано. 7 июня десант в 200 человек овладел крепостью Сенигаллия вблизи Анконы. Эскадра П.В. Пустошкина уничтожила или изгнала с моря итальянских и французских каперов, грабивших торговые суда всех национальностей.
П.В. Пустошкин готовился к решительным действиям против Анконы, но 10 июня был отозван в Корфу, куда Ушаков стягивал все свои корабли, так как в Средиземном море появилась Брестская эскадра, и Нельсон, опасаясь решительных действий со стороны адмирала Брюи, просил о соединении русских и английских сил у Палермо. В связи с этим сам Г. Нельсон снял блокаду Мальты. 22 июня эскадра П.В. Пустошкина прибыла в Корфу и соединилась с эскадрой Ф.Ф. Ушакова.
Как только выяснилось, что франко-испанский флот не собирается выходить из Бреста, блокада Анконы была возобновлена отрядом капитана 2-го ранга Н.Д. Войновича. 26 июня фрегаты «Сошествие Св. Духа», «Богородица Казанская», «Навархия» (флагман) и два турецких фрегата вышли из Корфу в море и 12 июля подошли к Анконе. Для блокады крепости оставлены «Сошествие» и один турецкий фрегат, остальные суда направились к Пезарро, где 14 июля с отряда высажен десант (430 человек), который подошел к городу Фано. Еще 150 человек было высажено между Фано и Сенигаллией, чтобы прервать сообщение между ними. Эти крепости, взятые эскадрой П.В. Пустошкина, после ее ухода в Корфу вновь были заняты французами.
15 июля фрегаты подошли к Фано и начали бомбардировку крепости, десант на гребных судах был высажен на берег. 17 июля крепость Фано была взята. В этот день из Анконы на помощь гарнизону Фано вышел французский отряд (1000 человек), но так как Фано капитулировал до его прихода, отряд вернулся в Анкону.
После взятия Фано Н.Д. Войнович направился к Сенигаллии, куда берегом двигался десант. 22 июля эскадра подошла к крепости Сенигаллия и открыла по ней огонь. Не дожидаясь подхода десанта, французы оставили крепость.
Десант, взяв Сенигаллию, направился к Анконе. В помощь союзникам выступили войска итальянского ополчения, собравшиеся у Фермо (около 3000 человек под командованием генерала Лаоца). 28 июля десант и ополчение подошли с двух сторон к крепости. 1 августа начались осадные работы. Вокруг крепости было установлено семь батарей из 30 корабельных орудий. Осада длилась до ноября.
