В целях сосредоточения управления портов в руках одного ответственного лица, в портах Кронштадтском, Ревельском и Архангельском учреждены должности главных командиров и особые управления портов. Черноморские порты также обстраивались и расширялись.
При Павле было обращено внимание на улучшение кораблестроения. Вводится обязательное болтовое крепление частей корпуса, покрытие подводной части медными листами.
Уже в первые дни царствования Павла из Кронштадта обратно в Петербург был переведен Морской кадетский корпус. В Кронштадт он был отправлен после пожара 1771 г. Сам Павел частенько заезжал в корпус, где беседовал с юными моряками.
Павел явно благоволил флоту. «Беспокойный в последнее время характер Государя, его горячность и неуравновешенность, которые иногда так тяжело отзывались на командном составе армии и на ней самой, сравнительно меньше проявлялись в тех случаях, когда дело касалось флота».
В 1797 г. Павел впервые после Петра Великого лично командовал флотом в плавании по Финскому заливу, подняв свой штандарт на фрегате «Эммануил».
Поздно, в 42 г., став императором, Павел старался везде успеть навести порядок в огромной империи. Но при этом он лично занимался мелочами. Павел I, преследовавший роскошь и вводивший во всем экономию, изменил и форму одежды морских чинов на более простую и дешевую. Расшитые золотом кафтаны заменялись на скромные виц-мундиры. Вместо белых мундиров флотским офицерам полагались темно-зеленые при белых штанах и камзоле. Для отличия моряков по дивизиям ввели нашивки. Письмо генерал-адъютанта Кушелева адмиралу А.Н. Сенявину 12 ноября 1796 г.: «Его И.В. высочайше повелеть соизволил: во флотах шитых мундиров не носить, а быть всем на всегда в вице-мундирах».
7 декабря 1796 г. государь император повелел: приехавших в Санкт-Петербург из Кронштадта четырех мичманов немедленно выслать отсюда и отправиться к командам своим, и впредь чтоб никто из офицеров без дозволения в Санкт-Петербург отпускаем не был.
11 декабря того же года он указал, чтобы «…застольные пальбы уничтожены были, равно и все почетные, кроме положенных регламентом салютаций, и с иностранными по договорам».
А между тем во Франции приготовления к высадке на берега Англии продолжались, и, по полученным англичанами сведениям, испанский флот должен был перейти в Брест, чтобы совместно с французами прикрывать эту высадку, а голландский флот должен был отвлечь часть английского флота из Ла-Манша в Северное море.
