Возглавляя Главное следственное управление Прокуратуры СССР, а потом и Управление по надзору за исполнением законов о государственной безопасности СССР, Илюхину довелось заниматься и вопросами реабилитации граждан. Он лично приложил руку к снятию всех обвинений с участников Новочеркасских событий 1962 года, стихийно выступивших с экономическими требованиями, за которыми последовало жесткое подавление волеизъявления рабочих. Илюхин пошел навстречу научной и писательской общественности, сняв судимость с известного ученого Н. Тимофеева-Ресовского, работавшего с 1925 года до окончания войны в Германии. По указанию Виктора Ивановича были подготовлены материалы на реабилитацию Н. Гумилева, расстрелянного в 1921 году. В отличие от трибунала, расправившегося с талантливым русским поэтом, он никогда не считал его врагом молодой советской республики, а военная карьера, участие в войне и награждение за личную смелость Георгиевскими крестами вызывали у Виктора Ивановича большое уважение к этому человеку с трагической судьбой.
А вот кого он не уважал и считал преступником, так это первого и последнего президента СССР. Позже в газетах о Викторе Ивановиче напишут: «В ноябре 1991 года возбудил уголовное дело по статье 64 («Измена Родине») Уголовного кодекса РСФСР против президента СССР М. Горбачева в связи с постановлением Госсовета СССР о признании независимости Латвии, Литвы и Эстонии. Обвинял Горбачева в нарушении Конституции СССР, нанесении ущерба суверенитету, территориальной целостности и государственной безопасности страны. После этого из Прокуратуры СССР был уволен».
Согласитесь, поступок смелый, но не безрассудный. Позже он сам прокомментировал его так: «Я знал, на что иду и каких последствий можно ожидать. Но Горбачевым действительно был нарушен Основной закон государства и кто-то должен был об этом сказать во всеуслышание. Власть должна знать, что ее проступки и преступления с рук не сходят, всегда найдутся люди, которые скажут правду в лицо».
Для нас в рассмотрении Катынской трагедии этот факт биографии Илюхина крайне важен. Прокурор, до мозга костей законник, он не боится гнева власти предержащей, открыто и решительно идет на конфронтацию ради торжества справедливости.
Кстати говоря, в это время М. Горбачев и его идейный сподвижник А. Яковлев уже признали Катынский расстрел польских военнопленных преступлением сталинизма и еще в апреле 1990 года сделали в ТАСС заявление. Начала работать группа следователей Главной военной прокуратуры, которая быстро нашла дружеский контакт с польскими агентами влияния. Для Илюхина и его товарищей по Прокуратуре СССР такие странные взаимоотношения во время ведения следствия показались, мягко говоря, некорректными. Но вмешаться в это дело он не смог в силу постоянных командировок в Среднюю Азию и на Кавказ. Все откладывалось до окончания следствия по неправомерным действиям коллег в Узбекистане. К тому же в Катыни в это время шли неспешные раскопки могил, и чем все закончится, было неизвестно.
