Некоторые историки считают, что на этих морских судах царь намеревался плыть в Англию. С. Н. Марков полагает, что корабли были предназначены для плавания на восток, для отыскания морского пути в Китай, ибо «в царствование Ивана Грозного русские открыватели проникали на рубеж Ледовитого и Теплого морей и достигали не только Чукотки и Камчатки, но даже берегов Северной Америки.»
Как бы там ни было, а почти три года жил Иван Грозный в Вологде, лично руководя строительством крепости и собора, который воздвигался по образцу главного великокняжеского храма Московского Кремля — Святого Успенья. Так он поначалу и назывался, до тех пор, пока уже после смерти царя Ивана в 1588 году не был освящен и наречен Софийским — во имя Святой Софии.
Не в ту ли пору рядом с храмом приказал Иван Грозный построить подземное здание для хранения свезенных в Вологду сокровищ, и в их числе, возможно, библиотеки, которые хранил в двухстах тридцати одном сундуке и коробе? Так могло быть.
Не доведя до конца строительство собора, Грозный внезапно покидает Вологду в 1570 году. Народная молва объясняет отъезд царя тем, что в новостроящемся храме ему на голову упала «плинфа красная». Это, якобы, разгневало царя, и он уехал в Москву. На самом же деле Иван Грозный отбыл из Вологды, когда получил тайное известие о новом боярском заговоре в столице, нити которого вели в Польшу. Получив донесение о поимке королевского лазутчика, Иван Грозный и выехал срочно в Москву.
Взял ли с собой Иван Васильевич привезенные в Вологду сокровища? Без сомнения, какие-то увез. Ибо, по свидетельству близкого к царскому двору английского посла Джерома Горсея, Грозный незадолго до смерти показывал ему в отдельной комнате кремлевских покоев свою знаменитую коллекцию драгоценных камней, рассказывая об их чудодейственной силе.
Среди сокровищ царя в Вологде могла быть и легендарная библиотека («либерия») его отца Василия III, доставшаяся тому в свою очередь от своего родителя Ивана Васильевича Третьего, женатого вторым браком на племяннице последнего византийского императора Софии (Зое) Палеолог. По преданию, она привезла с собой в Москву часть императорской библиотеки, спасенную от турок ее отцом и вывезенную в Рим, где после завоевания Византии турецкими войсками и падения Константинополя жила царевна.
Приглашенный из Греции Василием III для описания библиотеки ученый-монах Максим Грек был поражен богатством книг царской «либерии», многие из которых видел впервые. В «Сказании о Максиме философе» говорится, что когда Василий III показал ему библиотеку, то «инок во многоразмышленном удивлении бысть о толиком множестве бесчисленного трудолюбивого собрания и с клятвою изрече перед благочестивым государем, яко ни в Грецех такое множество книг сподобихся видети».
