Рихарда Зорге арестовали 18 октября 1941 года. Его взяли рано утром, хотя полиция следила за домом, начиная с раннего вечера прошлого дня: во дворе дома Зорге стояла машина с номерами посольства Германии, и они не решились вторгаться к нему, пока она не уедет. Вероятно, как раз в ту ночь возлюбленного навещала Хельма Отт.
Сначала Рихард отрицал свою вину, но после того как ему были предъявлены вещественные доказательства, сдался. Возможно, и тогда сдался не сразу, потому что, хотя в отчете прокурора и значится, что «пытки к Зорге не применялись», есть в нем настораживающая фраза: «Я вместе с моим коллегой Тамасавой и полицейским пошли к нему выяснить, позволяет ли его здоровье продолжать допрос». Что же это за допрос был, если он мог закончиться летально? Вряд ли он ограничивался исключительно словопрениями… Зорге не стал испытывать себя на прочность, он заговорил, постаравшись взять всю вину на себя и максимально выгородить остальных членов своей группы. Отдельно он попросил не трогать Исии Ханако, заявив, что она не имеет никакого отношения к их деятельности. Забегая вперед, упомянем, что Ханако арестовали летом 1942 года, но после короткого расследования отпустили, уверившись, что она действительно ничего не знает.
А Рихард долгих три года провел в тюрьме, ожидая решения своей участи.
«…Их содержали в тюрьме Сугамо. Врач Токутаро Ясуда, арестованный по этому же делу, оставил описание тюремных порядков. „В шесть часов утра – подъем. Через час – проверка. Дверь камер открывается. Трое тюремщиков спрашивают: жив? Заключенный должен встретить их, распластавшись в поклоне на полу. Далее – завтрак: горстка риса или ячменя, чашка супа. Обед и ужин из прогнивших продуктов приходилось покупать за свои деньги. Если родственники заключенного были бедны, он не получал ничего. Днем – прогулка…”» В общем, обычный тюремный режим с некоторой восточной спецификой, в виде поклонов и питания за свои деньги. С заключенными в то время нигде не церемонились. Впрочем, возможно, европейцам делались некоторые послабления. Так, Макс Клаузен вспоминал, что, когда их возили на допрос, то японцам надевали кандалы, а его удостаивали наручников.
После растерянности и отчаяния первых недель Рихард держался мужественно. Переводил на допросах Иоситоси Икома, профессор германистики. Режим проведения допросов был либеральным, и в перерывах подследственный мог спокойно общаться с переводчиком. Тот вспоминает: «Мы беседовали с доктором Зорге на самые разные темы, но главным образом – о войне Германии с Советским Союзом; как видно, это интересовало его больше всего. Если советские войска одерживали верх, как это было на заключительной стадии Сталинградской битвы, он приходил в хорошее расположение духа, становился разговорчивее. В противном случае он выглядел разбитым и был очень скуп на слова. Он был большим другом Советского Союза. Доктор Зорге был прирожденным журналистом с характером искателя приключений… Мне точно известно, что уже после оглашения смертного приговора он писал в дневнике: „Я умру как верный солдат Красной Армии”».
