Размах и характер переживаемого нами глубочайшего культурного переворота особенно проявляются в научной книге. Строить социализм мы будем на научной основе, на основе марксистской теории и марксистской переработки всего великого, накопленного наукой» (Госиздат за 5 лет, 1922).
На новом поприще у Шмидта порой возникали непростые ситуации, как, например, с изданием книги А. Л. Чижевского «Физические факторы исторического процесса», находившейся, как показывает ее заголовок, на стыке естественных и общественных наук. Возникающие при этом коллизии характерны как для прошлого, так и для современности. Как правило, подобные ситуации отличаются крайностями как сторонников, так и противников различных взглядов. В ту пору идеи Чижевского поддержали физик академик П. П. Лазарев, нарком просвещения A.B. Луначарский, физиолог и врач академик В. Я. Данилевский и его коллега В. М. Бехтерев и даже престарелый бывший народоволец H.A. Морозов. Это вовсе не означало, что взгляды Чижевского получили всеобщее признание. Например, его противниками до конца оставались не менее авторитетные в науке биолог академик М. М. Завадовский и его брат и коллега Б. М. Завадовский.
Со слов П. П. Лазарева известно, что Шмидт в описанном случае возражал против объяснения активности народных масс следствием изменений солнечного излучения, что, по его мнению, принижало роль рабочего класса. За это Лазарев назвал Шмидта «пламенным ортодоксом»… В итоге, при встрече с Чижевским Шмидт известил его: «Госиздат, к сожалению, сейчас не может взяться за публикацию вашего дискуссионного труда по уважительным причинам… Не сердитесь, прошу вас, на меня. Я огорчен, что не могу быть вам полезным как заведующий Госиздатом». Главной среди «уважительных причин» была грядущая отставка Шмидта по требованию Сталина из-за издания работ Троцкого. А кто в середине 20-х годов мог определить, за кем будущее — за Троцким или за Сталиным? Очевидно, уже в ту пору мнение преемника Ленина на посту пролетарского вождя перевешивало точку зрения всех оппонентов из числа перечисленных выше. Видимо, это первый контакт (пока не непосредственный) будущего академика и всенародного героя с Великим Диктатором. Но не последний, как показало будущее. Известно, что товарищ Сталин не забывал чужих прегрешений…
Книга Чижевского была опубликована в 1924 году в Калуге в частном издательстве. В том же году Шмидт оставил руководство Госиздатом после резких расхождений в оценке деятельности этой организации в правительстве, предварительно заявив: «У нас, в сущности, продолжается военный коммунизм. Мы, не имея достаточного капитала, все время занимаемся тем, что составляем и пересоставляем планы, точно Компрод в 1918 году. В этом смысле — это прошлое, но в то же время это и настоящее» (Там же, ф. 422, л. 2). Как считает Матвеева, «слишком прямое и честное выступление О. Ю. Шмидта не осталось без внимания. Через 10 дней после совещания 20 ноября 1924 года. Наркомпрос освободил О. Ю. Шмидта от должности заведующего Госиздатом с оставлением за ним других обязанностей по Наркомпросу» (2006, с. 102).
