Такое совмещение в одном учреждении представителей теоретических наук, практических знаний и ремесел уже само по себе вызывало распри среди сотрудников Академии. Как отметил Вернадский, «Миллер, Ломоносов, Делиль, враги между собой в других делах, дружно боролись на этой почве с Шумахером и Нартовым (тоже врагами между собою), которые тратили средства Академии наук на задачи технические, художественные, ремесленные — цели, далекие от науки, но сами по себе очень почтенные и нужные».
Итак, воспользовавшись воцарением Елизаветы, Андрей Нартов и академик Жозеф Никола Делиль (астроном и географ) вместе с несколькими русскими сотрудниками Академии в феврале 1742 года подали в Сенат донос, обвиняя Шумахера в расхищении казны, непорядочных поступках, покровительстве иностранцам, гонениях на русских студентов и ученых. Рассмотрение дела затянулось. Нартов обратился с петицией к императрице.
Ломоносов воздержался ставить подпись под этим документом, остерегаясь портить отношения с Шумахером. Петиция Нартова возымела действие, и в конце сентября была назначена следственная комиссия.
В Академии назревал переворот. В судьбе Ломоносова тогда же едва не произошел крутой перелом: он мог угодить в острог.
Обстоятельства этого случая толкуются по-разному. Если верить объяснению Ломоносова, он 25 сентября 1742 года заглянул к соседу — академическому садовнику Иоганну Штурму в поисках своего пропавшего полушубка. Как показало следствие, служанка садовника неожиданно наткнулась в сенях на адъюнкта Ломоносова, стоявшего там «незнаемо с какого умысла».
Версия от Львовича-Костицы: «Ломоносов забрался в кухню своего соседа… В кухне была новая кухарка Штурма — Прасковья Васильевна, жена канцелярского солдата Василия Арлукова. О том, какого рода беседа происходила между нашим поэтом и указанной женщиной, документальных данных не сохранилось. Только вскоре Ломоносов вошел в комнату к Штурму, у которого в это время собрался кружок сослуживцев. И с негодованием заявил хозяину, что у него «нечестивые гости сидят: епанчу его украли». На это отвечал лекарь ингерманландского полка Братке, что Ломоносову «непотребных речей не надлежит говорить при честных людях». Тогда Ломоносов, не долго думая, ударил лекаря по голове, схватил «на чем парики вешают и начал всех бить и слуге своему приказывал бить всех до смерти»».
Вряд ли Михаил Васильевич искал в доме Штурма свой полушубок или пожелал обзавестись чьей-то шубейкой. Вероятнее всего, он подслушивал разговор, проходивший в гостиной, где находились бухгалтер академической канцелярии Биттнер и книгопродавец Прейсер. Они, по-видимому, обсуждали сложные и отчасти криминальные финансовые дела Академии в связи с обвинениями от Нартова.
