Школа располагалась на Новом Пушечном дворе до 1707 года, когда из-за строительства оборонительных сооружений вокруг Китай-города и Московского Кремля руководитель фортификационных работ капитан Преображенского полка В. Д. Корчмин «согнал» ее на Суздальское подворье. Благодаря настойчивым напоминаниям Брюса в 1706 году здание школы было отремонтировано. Если в 1701 году в школе обучалось 180 человек, то к концу 1704 года в ней было уже 300 учеников.
В условиях военного времени Я. В. Брюс не мог лично руководить школой, но посредством переписки с Приказом артиллерии старался контролировать ее деятельность.
Брюс следил, чтобы учебный процесс в школе шел нормально и ученики осваивали не только теорию, но и приобретали практические навыки. Он рекомендовал Н. П. Павлову отобрать из школьных учеников человек пять-шесть, хорошо успевающих по геометрии и фортификации, и «отдать их в науку Шперейтеру», чтобы он научил их не только чертить, но и стрелять, «особенно бомбами». Одним словом, чтобы «научил подлинному своему делу».
Знаменательно отношение главы артиллерийского ведомства к проблеме профессионального обучения. Узнав, что несколько учеников Словесной школы бежали и записались в солдаты, Брюс потребовал от Ф. Ю. Ромодановского разыскать их и, наказав, отправить обратно в школу. «Нужды в них (как в учениках), — писал Яков Вилимович князю-кесарю, — больше есть, нежели в солдатах. Понеже всякий крестьянин может быть в солдатех, а не пушкарем».
Особо заботил Якова Вилимовича и подбор кадров для Артиллерийской школы. Грамотных специалистов катастрофически не хватало не только в учебных заведениях, но и в государственных учреждениях, в армии и на флоте. К сожалению, имевшиеся при школе преподаватели были далеки от идеала. Несколько писем Я. В. Брюс посвятил учителю арифметики в Артиллерийской школе С. Печорину.
В мае 1706 года дьяк Приказа артиллерии Н. П. Павлов написал Я. В. Брюсу: «Цыфирной науки учитель, который взят из Математической школы, Спиридон Печорин, для учения школьных учеников учинился во пьянстве, и за то ему было дано поучение, бит батоги. И по се число он, Спиридон, от пьянства не лишился и в школу приходит изретко и в учении тем ученикам есть немалая остановка».
Понятно, что без учителя арифметики полноценно проводить занятия было невозможно. К нерадивому педагогу были применены методы дисциплинарного воздействия, которые не возымели действия — «бит батоги, а от пьянства не лишился». Тогда Я. В. Брюс в письме Н. П. Павлову распорядился: «И ты ево вели, сковав, в школе держать непрестанно, чтоб в учении учеников остановки не было».
