Кроме того, Я. В. Брюс живо интересовался разработками полезных ископаемых, в частности серы и селитры для составления рецепта пороха. Интересовался он и состоянием мануфактур в России.
Замкнутость, натуральный характер самого хозяйства России не способствовали частному предпринимательству и формированию промышленности. Поэтому только государство могло выступать инициатором создания промышленности. Катализатором этого процесса стала Северная война, стремление Петра добиться выхода в Балтийское море, «прорубив окно в Европу».
Первые мануфактуры в России появились еще в XVII веке. Одним из известнейших создателей первых металлоплавильных заводов был А. Виниус — голландец, построивший железоделательный завод близ Тулы в 1632 году. Виниус поставлял оружие и пушки в действующую армию. Тогда же стали возникать заводы на Волге, в Костроме, Смоленске, Владимире. Правительства Михаила Федоровича, а затем Алексея Михайловича старались поощрять отечественную промышленность государственными заказами, создавать льготные условия для предпринимателей России в торговле. Скажем, Новоторговый устав 1667 года, появившийся после неоднократных жалоб в русское правительство купцов, запрещал иностранным купцам на территории страны торговлю в розницу. Так, постепенно складывалась политика «меркантелизма» — поддержки отечественного производителя, которая фактически была приведена в систему, упорядочилась и наиболее ярко себя проявила в период деятельности петровских коллегий.
Сама идея формирования коллегиальной системы управления государством была подсказана Петру в период его пребывания за границей, и он, где только возможно, искал подтверждения и обоснования своим мыслям о перестройке работы приказов, а возможно, и их ликвидации. Я. В. Брюс в этом вопросе становится для Петра первым помощником. Как отмечает С. Князьков, предварительно по указанию Петра были собраны максимально полные сведения о работе органов управления в европейских странах и «весь этот материал поступил сначала к Брюсу». Прекрасно зная интересы России, Брюс переводит на русский язык регламенты центральных учреждений Дании, Швеции и других государств, знакомит Петра с учеными, занимавшимися теоретической основой системы государственного управления. Одним из таких ученых был Готвальд Лейбниц, который состоял в переписке со многими монархами Европы. Брюс, познакомившийся с Лейбницем в 1711 году, становится посредником между русским царем и великим ученым. Так возникает переписка не только Лейбница с Брюсом, но и Лейбница с Петром.
