Находится это море в районе одной из самых глубоких депрессий суши, провал земной коры здесь, во впадине Гхор, достигает почти километра по сравнению со Средиземноморским побережьем. Уровень Мертвого моря на 395 метров ниже уровня Средиземного моря.
Как образовалось Мертвое море, объясняют специалисты геологи, занимающиеся тектоникой плит. Согласно их теориям, плиты, то есть гигантские пластины, на которые разделяется литосфера — внешняя жесткая оболочка Земли, могут перемещаться. Мертвое море находится в зоне Сирийско-Африканского рифта, «трансформной границы», вдоль которой две плиты — Африканская и Аравийская — скользят друг относительно друга в течение последних десяти миллионов лет. Это движение продолжается и в настоящее время, поэтому область, прилегающая к Мертвому морю, является сейсмически опасной. Перемещение по трансформному разлому вызывает растяжение коры, ее ослабление и оседание. Этим и объясняется образование и глубокий провал Мертвого моря.
Свидетельством сейсмической активности этого района можно считать и библейский рассказ о стенах Иерихона — города, расположенного в долине Сиддим. Эти стены будто бы разрушились посте того, как евреи обнесли несколько раз вокруг города ковчег, в котором хранились тексты Завета, данные Яхве Моисею, и протрубили в трубы. Археологические же раскопки Иерихона показали, что эти стены разрушились в результате землетрясения.
Мертвое море — интереснейший объект изучения с точки зрения морской геофизики. До самого недавнего времени, до 1978 года, в течение нескольких тысяч лет глубинные воды Мертвого моря содержали большое количество растворенного водорода. В 1978 году, в результате обмеления реки Иордан, произошедшего из-за расходования води для орошения земель, случилось следующее: нарушился «клин солености» (разрушилась граница между водами более солеными и пресными поверхностными) в водах Мертвого моря.
Этот клин ранее затруднял обмен поверхностных и глубинных вод. В результате произошла инверсия воды, на глубину стал поступать кислород и бактерии, прежде вырабатывавшие сероводород, стали заменяться аэробными бактериями, произошло очищение глубинных вод Мертвого моря. Ранее, как показывали исследования, глубже 50 метров встречались только анаэробные бактерии (бактерии, которым не нужен кислород). В то время вода, поднимаемая с глубины, имела сильный сероводородный запах.
Насыщенность вод Мертвого моря сероводородом подтверждается и Страбоном:
