Являл он терпимость к староверам, к лицам иных конфессий. При нем почувствовали послабление католики и даже иезуиты. В марте 1798 года, после оккупации Наполеоном североитальянских княжеств, император предложит убежище в России оказавшемуся в изгнании папе Пию VI. В ноябре того же года Павел I станет Великим магистром Иерусалимского ордена Св. Иоанна. Он шел на это ради интересов России и монархической Европы. Император, по всей вероятности, имел в виду уничтожить религиозные барьеры, препятствовавшие объединению на широкой основе сил, выступающих против французской революции. Подтверждением этого может служить императорский указ от 21 декабря 1798 года, призвавший всех, кому близок дух Мальтийского ордена, объединиться и выступить с единых позиций. Только интересами политики можно объяснить заигрывания императора с Ватиканом и иезуитами. В политической игре, надо сказать, Павел Петрович был готов дойти до опасной черты.
И еще одно немаловажное событие.
3 августа 1799 года, во время приема Павлом Петровичем в Петергофе представителей ордена, которые предъявили ему акт об отречении от поста Великого магистра фон-Гомпеша, императору были переданы святыни ордена, хранившиеся на о. Мальта с 1530 года. Это были величайшие святыни христианского мира: десная (правая) рука Св. Иоанна Предтечи, часть Древа Животворящего Креста Господня и Филермская икона Божией Матери.
12 октября 1799 года, в день бракосочетания дочери Павла Петровича великой княжны Елены Павловны с наследным принцем Мекленбург-Шверинским Фридрихом Людовиком, совершены были торжества перенесения привезенных с Мальты святынь.
«В 10 часов утра из Гатчинского дворца выехала по направлению к городку Ингебургу целая кавалькада с Императором во главе, с членами царской семьи и с многочисленной свитой, для встречи другой процессии, в которой представители Мальтийского ордена везли в Гатчину свои Святыни, — писал историк церкви Н. Смирнов. — Встреча произошла у Спасских ворот, откуда и началось торжественное шествие по широкому проспекту — обратно ко дворцу.
Впереди с Крестным ходом шло духовенство, затем, в придворной золоченой карете ехал наместник Мальтийского ордена граф Юлий Литта… у которого на руках, в золотом ковчеге, на алой бархатной подушке, покоилась честная десница Св. Иоанна Крестителя. Вслед за Литтой мальтийские рыцари везли Филермскую икону Божией Матери и часть Животворящего Древа. Император Павел I шел рядом с каретой в полном облачении Великого магистра… За ними следовала многочисленная царская свита; шествие завершало множество простых жителей Гатчины.
