В конце XVI века в Серебряный флот входило до 60 военных и торговых кораблей. Флот Новой Испании имел, по крайней мере, два тяжело вооруженных галеона, а флот Материка, по крайней мере, шесть, поскольку нёс основную часть ценностей. В дальнейшем, из-за увеличения производства серебра на копях в Потоси и увеличения количества парусных кораблей во флоте Материка, его стали называть просто Флот галеонов.
Если торговые суда периодически оставались в Карибском море на зиму, то военные стремились как можно быстрее покинуть его, оставляя поселения незащищенными. Именно поэтому испанским властям пришлось создать целую систему защиты торговых коммуникаций. Она состояла из следующих боевых подразделений:
Флот Новой Испании (Armada de Nueva Espana) — эскортировал галеоны от Веракруза до Гаваны (не стоит путать его с торговым флотом с тем же названием).
Флот Южного моря (Armada del Маг del Sur) — от Перу до Панамы.
Флот защиты перевозок из Индий (Armada de la Guardia de la Carrera de las Indias, с 1576 года). Состоял из 8 галеонов, трёх малых судов, 1100 моряков и 1000 солдат.
Флот Наветренных островов (Armada de Barlovento) — создан в 1595 году для постоянной защиты поселений и коммуникаций в Карибском море, от Флориды до Малых Антильских островов. Главная задача состояла в поимке пиратов и защите торговых флотов.
Флот Открытого моря (Armada del Mar Oceano) — постоянный атлантический флот, основанный в 1590 году. Состоял из 46 военных кораблей. Защищал побережье и торговые конвои от Испании до Индий.
Флот де Эстрехо (Armada del Estrecho) — базировался в Кадисе, защищал Гибралтарский пролив и прибывающие из Индий корабли.
В 1545 году были открыты серебряные прииски в Перу. С этого момента изменился способ получения сокровищ из Нового Света. Раньше их отнимали у индейцев, теперь добывали на рудниках. В следующем году серебряные шахты были открыты в Мексике, обеспечив второй источник серебра для Испании.
Для добычи драгоценных металлов была необходима ртуть, которую в огромных количествах стали добывать на рудниках Альмадена. Испанское правительство отдало их в руки банкирского дома Фуггеров, которые получали от них около 100% прибыли. Галеоны, отправлявшиеся в Новый Свет, ежегодно перевозили до 3000—4000 тысяч центнеров ртути, а на обратном пути везли золото и серебро.
Объёмы перевозок драгоценных металлов и камней и прочих колониальных товаров постоянно увеличивались.
