При господстве феодальных методов эксплуатации колониальное хозяйство сохраняло натуральный характер. В сельской местности преобладало домашнее деревенское ремесленное производство (ткачество, гончарное, плотничье дело и т. д.), удовлетворявшее хозяйственные нужды населения пуэбло и барангаев. До XIX в. филиппинские города представляли собой военно-административные и религиозные центры. Крупнейшим из них была Манила. Столица служила резиденцией колониального правительства, архиепископа, руководства орденов и военных властей. Торговля и городское ремесленное производство находились в руках китайских иммигрантов, обслуживавших испанских колонизаторов. Небольшие китайские общины существовали также в портовых городах Висайев (на о-вах Себу и Панай). Китайские торговцы проникали и во внутренние районы архипелага, доставляя товары местному населению. Помимо ремесла и розничной торговли китайцы занимались посредническими сделками, связанными с галионной торговлей и ростовщичеством. Время от времени власти принимали законы, направленные к ограничению деятельности китайского торгового капитала и сокращению китайской иммиграции. Китайцы облагались подушным налогом, вдвое превышающим размеры трибуто, уплачиваемого филиппинцами. Существовал и ряд специальных налогов, которые собирались с китайского населения. Испанские колонизаторы способствовали распространению антикитайских настроений среди филиппинцев, провоцировали китайские погромы. Антикитайская политика властей вызывала протесты со стороны китайцев, выливавшиеся в вооруженные бунты, которые жестоко подавлялись колонизаторами.
В XVII в. произошло два крупных восстания китайского населения — в 1639 и 1662 гг. Восстание 1639 г. было вызвано мероприятием генерал-губернатора Коркуэры, который переселил 300 китайских торговцев в Каламбу (современная провинция Рисаль), принудив их обрабатывать пустующие земли. Незнакомые с земледельческим трудом, китайцы оказались в тяжелом положении. В знак протеста они ушли из Каламбы, двигаясь в Манилу, где в китайских кварталах начались волнения. Коркуэра приказал войскам уничтожить всех взбунтовавшихся китайцев — и тех, что шли в Манилу, и жителей Париана. Оставшиеся в живых (около 6 тыс.) бежали из Манилы и некоторое время вели борьбу в окрестностях столицы, пока не были разбиты испанцами. Всего испанские колонизаторы уничтожили при подавлении этого восстания более 20 тыс. китайцев. Восстание среди населения Париана в 1662 г. вспыхнуло в то время, когда на Манилу готовился совершить нападение предводитель китайских пиратов Ко-синг, захвативший голландский форт на Тайване. Манильские власти, охваченные паникой и опасаясь соглашения между Ко-сингом и местными китайцами, решили выслать в Китай всех жителей Париана. Однако китайцы отказались выполнить приказ испанского генерал-губернатора и убили нескольких чиновников и офицеров, которые должны были руководить выселением. Испанцы обстреляли китайские кварталы из пушек. Довольно большой группе китайцев удалось уплыть на рыбачьих лодках к Тайваню. Около 2 тыс. китайцев бежали в Пампангу, где были истреблены отрядом солдат, набранных испанцами из местных жителей. Этот же отряд под командованием сержанта-филиппинца Лаксамана уничтожил остатки восставших, которые пытались продолжать борьбу в Маниле.
