Искусственная экономическая изоляция Филиппин способствовала консервации отсталых методов колониальной эксплуатации. Испанские колонизаторы не проявляли заинтересованности в развитии колониальной экономики, освоении естественных ресурсов архипелага. Примечательно, что товары местного происхождения составляли ничтожную часть грузов, отправлявшихся на галионах. В отличие от колоний Англии и Голландии на Филиппинах не развивалось производство колониальных экспортных культур, которые пользовались спросом на европейских и американских рынках.
Основой колониальной экономики было сельское хозяйство, его главной отраслью — рисоводство. Филиппинские крестьяне выращивали рис старыми, унаследованными от предков способами. Наиболее высокие урожаи этой культуры собирались в «рисовых» провинциях Центрального Лусона — Булакане, Пампанге, Нуэва-Эсихе, снабжавших рисом Манилу и северные районы Лусона. На Висайях центром рисоводства был о-в Панай, уступавший по производству риса лишь Центральному Лусону. Сохранялись традиционные отрасли хозяйства — рыболовство, морские промыслы, огородничество, разведение птицы и свиней.
Испанские монахи ввезли на архипелаг из американских колоний некоторые культуры, до того неизвестные филиппинцам, впоследствии получившие там значительное распространение (кукуруза, помидоры, какао, гуава, папайя). Монахи пытались развить на Филиппинах мясо-молочное животноводство. Первые скотоводческие фермы (ранчерии) появились в поместьях иезуитов. Однако мясо-молочное животноводство так и не получило на архипелаге значительного развития.
В первой половине XVII в. окончательно сложилась система землевладения. Основным типом феодального владения была асьенда (поместье). Ордена образовывали слой наиболее крупных коллективных феодальных землевладельцев. Первоначально основным источником формирования орденского землевладения служили королевские пожалования. Короли передавали орденам обширные территории с правом наследования и отчуждения на условии ежегодной уплаты так называемой наследственной десятины в денежной или натуральной форме в пользу короны как верховного собственника земли. Со временем уплата десятины приобрела номинальный характер, и уже к середине XVII в. земли, пожалованные орденам, превратились фактически в их собственность. В XVII–XVIII вв. орденское землевладение росло за счет скупки пустующих угодий из разряда коронных, приобретения земли с помощью ростовщических операций, захвата крестьянских участков.
