Во внешней торговле Филиппин важное место занимало также другое дальневосточное государство — Япония. Филиппино-японские торговые связи установились еще до появления на островах испанских колонизаторов. Центр торговли с Японией сложился в прибрежных районах Северного Лусона. Испанские «конкистадоры, завоевывая эти территории, обнаружили там несколько торговых пунктов (один из них — Лингаен — был даже назван испанцами Японским портом) и поселений японских колонистов, которые они уничтожили. Японские торговцы проникали и в Манилу. После завоевания Филиппин Испанией филиппино-японские торговые связи были прерваны. Но уже в 1584 г. по приказу филиппинского генерал-губернатора в японский порт Хирадо (на о-ве Кюсю) был отправлен испанский торговый корабль, встреченный вполне дружественно местными властями. С этого визита началось восстановление филиппино-японской торговли, центр которой переместился из северных районов Лусона в Манилу. До начала XVII в. торговые отношения с Японией развивались по восходящей линии, несмотря на официальную политику сегунов, направленную на ограничение контактов с европейцами и запрещение деятельности в стране испанских католических миссий. Для японских торговцев Филиппины представляли значительный интерес, главным образом как источник получения китайского шелка-сырца и шелковых тканей. Из Японии на Филиппинские острова ввозили пшеницу, другое продовольствие и оружие.
Что касается торговых отношений Филиппин со странами Юго-Восточной Азии, то в этом регионе испанцы с самого начала столкнулись с серьезной конкуренцией других европейских держав (Португалии и позже Голландии) и сопротивлением южных мусульманских султанатов, стремившихся удержать монопольные позиции в филиппино-индонезийской торговле. Тем не менее, по свидетельству испанских источников, Филиппины вели довольно оживленную торговлю со странами Индокитайского п-ова и с Индонезией при посредничестве китайских торговцев.
Торговля восточными товарами на американских рынках приносила колоссальные прибыли (до 1000 %). В ней участвовали все группы испанских колонистов (генерал-губернатор, чиновники, военные, купцы и монахи). Доходы от внешней торговли служили главным источником личного обогащения и почти не использовались на нужды хозяйственного развития Филиппин. Расцвет внешней торговли продолжался в течение короткого периода — с начала XVII в. Испания перешла к политике экономической изоляции своих колоний и ограничения их внешнеторговых связей.
