Разорение крестьянских хозяйств в результате грабительской эксплуатации энкомендеро угрожало подрывом сельской экономики, а начавшееся вымирание филиппинцев приводило к сокращению рабочей силы, в которой нуждались колонизаторы. Стабилизации испанского режима мешали стихийные выступления против гнета и злоупотреблений энкомендеро, которые вспыхивали повсюду на архипелаге. Крупные антииспанские восстания произошли в 1585 г. в провинции Пампанга (Лусон) и на Самаре, в 1585 г. — на Лейте, в 1589 г. — в провинциях Кагаян и Илокос (Северный Лусон). Вымогательства и притеснения энкомендеро толкали на путь протеста и представителей бывшей общинной знати — кабеса, которые возглавляли многие народные восстания. Их участие в антиколониальной борьбе лишало испанцев той социальной опоры, которая была необходима для упрочения их господства на Филиппинах. Уже в 80-х годах XVI г. испанские власти вынуждены были принимать меры по «смягчению» и упорядочению режима энкомьенд. Попытки законодательным путем ограничить произвол энкомендеро (по закону 1581 г., подтвержденному в 1589 г., устанавливался единый подушный налог в размере 10 реалов) были малоэффективны. Более серьезной мерой было сокращение числа частных энкомьенд, положившее начало постепенной ликвидации этой системы. За ее упразднение энергично выступала церковь, заинтересованная в сохранении паствы и укреплении своего влияния. Давление церкви ускорило отмену системы энкомьенд. В начале XVII в. она была окончательно заменена введением единого подушного налога — трибуто, сбором которого ведало королевское налоговое управление. Однако законодательная отмена режима энкомьенд произошла намного позднее — в 20-е годы XVIII в.
В первые десятилетия после завоевания Филиппин одним из главных источников доходов для колонизаторов была внешняя торговля. В этот период испанское правительство старалось реализовать планы проникновения на восточные рынки, служившие одной из главных целей испанской экспансии на Филиппины. Важнейшую роль в развитии филиппинской внешней торговли играла Манила, население которой быстро росло и к началу 90-х годов XVI в. достигло 30 тыс. У стен Интрамуроса возникли торгово-ремесленные пригороды и села. В конце XVI в. Манила превратилась в центр двух основных направлений внешней торговли Филиппин — азиатского и американского. В Манилу стекались восточные товары (китайский шелк, фарфор, индийские ткани, ювелирные изделия, пряности и др.), пользовавшиеся огромным спросом на европейских и американских рынках. Они перекупались испанцами и отправлялись на галионах в Мексику, откуда частично экспортировались в Европу. Возвращаясь на Филиппины, испанцы везли сюда мексиканское серебро, которое почти не использовалось для нужд колониального хозяйства, а обильными потоками: устремлялось в Китай и другие азиатские страны, обмениваясь на новые партии восточных товаров.
