В дневниковых записях Потоцкого тех лет отразились его размышления о современном мире: «Сколько держав исчезло! Сколько монархий распалось... Чудом избегнувши опасности, я проведу эту зиму спокойно, у предгорий знаменитого хребта, древней колыбели народов, происхождение которых я изучаю. Но я был бы еще более счастлив, если бы смог вообще забыть о делах современного мира. Увы, и здесь, даже в самых диких пещерах, невозможно скрыться от политики». Значение науки для Потоцкого безмерно возрастало, она становилась для него некоей нравственной утопией, резко противопоставленной политической злобе дня: «Благословляю пауку, принесшую мне счастье, покой и даже наслаждение, вопреки ужасному хаосу, в который погружено наше время... Великой истиной является то, что мир принадлежит людям труда, но пользуются им бездельники. Поговорите с другом наук — и вы убедитесь, что он не желает ничего иного, как продолжать свои труды; так же рассуждает крестьянин, и это означает лишь то, что оба постигли смысл истинного счастья».
Эти рассуждения свидетельствуют об общественном пессимизме Потоцкого, который заметно отразился в написанной позднее «Рукописи, найденной в Сарагосе» (особенно в главах, посвященных жизни ученых — Веласкеса и Эрваса). Понимание науки как нравственной утопии отделяло Потоцкого от практической деятельности созданного в 1800 году в Варшаве Общества друзей наук, членом которого он был и которое ставило своей целью развитие польской культуры и «сохранение национального духа».
Кратким эпизодом возвращения Потоцкого к политической деятельности было его участие в реализации антинаполеоновских планов Адама Чарторыского, ближайшего друга Александра I и министра иностранных дел России в 1804— 1806 годах. Именно Чарторыский привлек своего кузена Яна Потоцкого на русскую службу при министерстве иностранных дел по азиатскому департаменту.
Как уже упоминалось, в 1805—1806 годах Потоцкий возглавлял научную миссию при русском посольстве графа Ю.А. Головкина. Находясь в Сибири, он составил записку о культурном и экономическом развитии этого края, предсказывая ему большое будущее. 8 января 1806 года Российская академия наук избрала польского ученого в почетные члены. Потоцкий вернулся в Петербург в начале лета 1806 года, когда складывалась четвертая коалиция против Наполеона. Хотя Чарторыский вышел в отставку из-за прусских симпатий Александра I, Потоцкий на протяжении года до заключения Тильзитского мира служит пером публициста в борьбе против Наполеона I.
