Далекий император ничего не мог противопоставить действиям так называемого регента и его церковной клике. И все же в начале 1241 года он еще олицетворял единственную силу, которая казалось способной защитить империю от конников Батыя. Так как многие современники видели в наступающих монголах воплощение библейского пророчества (Откровение 20) о войске Антихриста, кочевых народах Гога и Магога, то победа Фридриха «над Антихристом» была бы выгодна даже с чисто психологический точки зрения. Папская пропаганда о том, что кайзер является предтечей Антихриста или сам является им, сильно бы пострадала от этого.
Войско Батыя напало на Венгрию. Король Бела IV предложил императору взять в лен его государство, если он придет на помощь, но тот не мог покинуть Италию. «Встают картины прошедшего, как когда-то во время Нашего похода на защиту Святой Земли от нашествия сарацин, которые преследовали Наших верующих не меньше татар, Наш возлюбленный Отец призвал миланцев и прочих людей, подданных империи, насильно вторгся в Наше королевство Сицилию – когда Мы были по другую сторону моря! – и запретил через своих легатов всем слугам Христовым просить Нас о христианской помощи». Ему оставалось только призвать князей Европы к совместной акции и организовать в Германии оборону от имени Конрада VI.
Сначала Папа недооценивал грозящую с Востока опасность, он считал ее чем-то вроде отвлекающего маневра Фридриха II. Затем понтифик приказал всему клиру читать проповеди против монголов, но в основном продолжал непрерывно трудиться над осуществлением своей основной идеи: низложения императора на римском соборе. В Германии король Конрад в мае 1241 года в Эслингене объявил всеобщий мир. И действительно, под впечатлением грозящей опасности бесчисленные междоусобицы и разбойные нападения маленьких и больших войск на время прекратились. «Крестовый поход» было решено организовать с условием, что Папа не направит его против императора. В это время 9 апреля 1241 года при Лигнице монголами было уничтожено сильное силезско-польское войско. Прибывшая на следующий день богемская армия уже не застала «татар», они ушли на юг и нагрянули в Венгрию (которую только что опустошило другое монгольское войско). Вооруженные силы в центральной Европе должны были предотвратить дальнейшие набеги, но Германии избежала опасности. Незадолго до битвы при Лигнице (княжество Силезия тогда еще принадлежало империи) Фридрих нанес сильный удар по планам своего могущественного противника в Ватикане. После блестящей победы на море юго-восточнее Эльбы он взял в плен примерно 100 испанских, французских и ломбардских прелатов (среди них трех кардиналов), которые доверились генуэзскому флоту, и приказал бросить их в апульские тюрьмы. В общественном мнении – прежде всего, в западной Европе – такое «безбожное» насилие сильно повредило ему. И хотя на соборе теперь не было кворума, император направил свои войска к Риму, чтобы в случае необходимости низложить Папу. Некоторое число кардиналов все равно было на его стороне. Уже казалось, что Священный Город наконец-то падет к его ногам, но тут Грегор IХ умер в августе 1241 года, и тонко рассчитанный удар, направленный не против системы, а против самой персоны Грегора, ушел в пустоту.
