Назначенная еще Иннокентием III дата начала крестового похода – 1 июля 1217 года – не была рассчитана на положение Фридриха, который не преминул нарушить сроки. Когда после смерти императора Оттона поход действительно начался (1218 год), им руководил папский легат, а на участие Фридриха Гонорий явно не рассчитывал. К освобождению Святой Земли должна была привести победа над султаном на его собственной родине, то есть в Египте. Такое решение стало роковым. В 1219 году был захвачен портовый город Думьят, но при первых легкомысленных попытках продвижения вглубь страны крестоносцы были так притеснены, что попросили германского короля о помощи. Фридрих согласился помочь еще прежде, чем соответствующее официальное письмо от Папы попало к нему в руки. Но сначала необходимо было решить некоторые весьма сложные проблемы. Сперва нужно было обдумать, кто будет управлять империей, а также выяснить политический статус Сицилии, где формально правила находящаяся теперь в Германии королева Констанция, состоявшая регентшей при маленьком Генрихе. На практике же это означало, что на острове, все еще находящимся под властью короля, всем заправлял сицилийский канцлер Вальтер фон Палеария. Положение войск крестоносцев ухудшалось, и Гонорий в последнюю минуту был уже готов принять тот ход политического развития, который он стремился предотвратить при поддержке имперских князей-клириков. Незадолго до прибытия в Рим, которое нельзя было откладывать из-за ситуации в Думьяте, Фридриху путем раздачи многочисленных привилегий удалось добиться согласия князей на выборы восьмилетнего сицилийского короля на германский трон, и в апреле 1220 года во Франкфурте Генрих VII был избран.
Наградой за голоса князей-церковников стало очень весомая имперская привилегия, делавшая все предыдущие привилегии простой нормой. В этом «confoederatio cum principibus ecclesiastics» (соглашение с духовными князьями) области правления церковных князей, то есть ленные владения короны, впервые были названы «территориями», а также были созданы важные предпосылки для будущих княжеств. Фридрих обязался не взимать налогов с церковных владений, не учреждать новые монетные дворы и таможни, не строить крепостей и не передавать кому- либо городские права. Кроме того, он передал духовным князьям судебную власть (с небольшими ограничениями на случай проведения на данных территориях придворного совета) и, наконец, право распоряжаться церковным имуществом. Все, кто был отлучен от церкви духовными правителями, через шесть недель автоматически объявлялись вне закона.
