Из-за только что описанной конкуренции епископ после 1198 года был на стороне папского кандидата на трон Оттона фон Пуату. Филипп же покровительствовал городу Страсбургу, желающему выйти из-под епископской опеки, и даже сделал его в 1205 году имперским городом, однако дальнейшее развитие показало всю бессмысленность этого шага. В это время короли-конкуренты терроризировали население страны огнем и мечем, страсбуржцы также должны были защищать стены своего города. Монастырь святого Томаса в Страсбурге уже с середины 12 столетия имел штауфенского наместника. С тех пор местные монахи удостаивались чести выполнять важнейшие государственные задания, как, например, уже упомянутый в первой главе каноник Бурхгардт, возглавлявший императорское посольство в Египте. Во времена Филиппа пробст Фридрих из монастыря Святого Томаса был императорским капелланом, то есть одним из самых высокопоставленных чиновников государственной канцелярии. После избрания Фридриха епископ перешел в его лагерь, а жители Страсбурга потребовали подтвердить привилегии их города как имперского, полученные от Оттона. Поражение последнего привело к тому, что на несколько десятилетий (до 1262 года) город снова оказался под властью духовенства, так как Фридрих II был особенно обязан епископу Генриху (из рода швабских графов фон Феринген), который подарил ему в Базеле пятьсот рыцарей. В 1219 году возобновилась старая борьба за спорные территории, многочисленные деревни и другие населенные пункты. Лишь в 1236 году удалось придти к компромиссному миру.
Такое упрямство дает основание полагать, что Гогенштауфены не так сильно пренебрегали своим положением в Германии, как это может показаться в связи с будущей итальянской политикой Фридриха II. Даже король, имеющий право на частное владение, примером которого могут послужить юго-западные немецкие земли Штауфенов, мог – а по воле князей и должен был – быть в Германии лишь Primus inter pares (первым среди равных). Поэтому германская корона была для Фридриха промежуточным пунктом на пути к императорскому трону. Бесконечные мелкие королевские обязанности, с вечным перетеканием от одного придворного совета к другому (подтверждение прав на владение, раздача привилегий, улаживание конфликтов) «избранный в императоры» мог рассматривать как второстепенную деятельность, заполняющую назначенное Папой ожидание. Сразу после коронации в Аахене Фридрих вступил в молельное общество цистерцианцев и поддержал Орден немецких рыцарей. Связи с обеими общинами продолжали расширяться и имели большое значение для Штауфена в будущем. Цистерцианцы, «серые монахи», считались тогда образцовыми земледельцами и скотоводами, а также одаренными архитекторами, и оказали Фридриху неоценимые услуги в Апулии. Глава же Ордена немецких рыцарей, Герман фон Сальца, оказался мудрым советчиком, осуществлявшим в качестве ближайшего доверенного лица взаимодействие императора и курии вплоть до самой своей смерти в 1239 году. Солнце папской милости не могло светить вечно и вот уже вскоре на горизонте показались первые тучи.
