Государственная военная коллегия, Походная канцелярия, Главное войско вносили в крестьянскую войну, возглавленную Пугачевым, известные элементы организованности. Так выглядела пугачевская Берда.
Осада Оренбурга затянулась. Пугачев не раз предпринимал всевозможные попытки овладеть городом: ворваться темной ночью, забросать ядрами и гранатами, натравить горожан на власти и т. д., но все было безуспешно. В городе начался голод. Пугачев искренне переживал несчастье горожан и говорил: «Жаль мне очень бедного простого народа, он голод великий терпит и напрасно пропадает…», — и в письме к Рейнсдорпу, «сатанину внуку, дьявольскому сыну, мошеннику, бестии» требовал сдать город и положить конец мучениям его жителей. Однако Рейнсдорп и не думал прекратить сопротивление. Он знал, что правительство готовит новый удар по Пугачеву. В районы крестьянской войны направлялись многочисленные войска, местное дворянство организовывало ополчения, помогало властям и купечество. Подчеркнув, что горести поволжского дворянства — это и ее горе, Екатерина II приняла на себя звание «почетной казанской помещицы». За поимку Пугачева обещала награду 10 000 руб.
В это время внимание Пугачева было отвлечено Яицким городком. 30 декабря отряд Михаила Толкачева занял городок, и только крепость продолжала обороняться. 7 января 1774 г. в Яицкий городок прибыл Пугачев.
И тут произошло событие, которое вызвало различные толки в рядах повстанцев. Яицкие казаки, желая крепче привязать к себе Пугачева, надумали женить его. «Ты как женишься, — говорили казаки, — так войско яицкое все к тебе прилежно будет». Пугачев торопился. Выбор его пал на молодую казачку Устинью Петровну Кузнецову. В доме Толкачева сыграли свадьбу и поздравили молодых — «императора» и «благоверную императрицу», весьма сомневавшуюся в царственном происхождении своего супруга. Женитьба Пугачева вызвала большое брожение умов. Во-первых, многие сомневались: «Как-де этому статься, чтобы царь мог жениться на казачке». Кроме того, «народ тут весь как бы руки опустил и роптал: для чего он, не окончив своего дела, т. е. не получа престола, женился».
Между тем взять укрепленную цитадель Яицкого городка не удалось, и 19 февраля Пугачев уехал из Яицкого городка — тревожные вести о наступлении правительственных войск заставили его поспешить к своей Главной армии.
22 марта в бою с войсками генерала Голицына под Татищевой крепостью Пугачев был разбит. Потери восставших были очень велики. В плен попали видные соратники Пугачева: Хлопуша, Подуров, Мясников, Почиталин, Толкачевы и другие. Под Уфой потерпел поражение и попал в плен Иван Зарубин-Чика.
