23 января Кузнецов и Салават Юлаев пытались взять Кунгур штурмом, но боеприпасов было мало, а правительственные войска ожесточенно сопротивлялись. Пришлось отойти. Но прошло немного времени, и в феврале пугачевские отряды овладели Кунгуром и Челябинском, блокировали Шадринск. Крестьянская война охватила Западную Сибирь: Верхотурский, Тюменский, Ялуторовский, Туринский и другие уезды. В Казанском крае и на Каме действовали отряды восставших русских, татарских, удмуртских крестьян, среди которых выделялся отряд татарина Мясогуга Гумерова. Восстание охватило Поволжье, Самарский и Ставропольский края. Отряд беглого крестьянина Ильи Арапова занял Бузулук и Самару, а православные калмыки, предводительствуемые Федором Дербетевым, овладели Ставрополем.
Крестьянская война охватила обширный край от Гурьева на берегу Каспийского моря до Екатеринбурга и Ирбита, от Шадринска до Самары и Ставрополя.
«Чернь бедная» разных языков и вероисповедания с оружием в руках добывала себе землю и волю. А сам «Третий император», чьи манифесты и указы поднимали трудовой люд на великую войну, успешно отбивал вылазки войск Оренбургского гарнизона, сколачивал свою Главную, или Большую, армию, создавал Государственную военную коллегию.
Главная армия Пугачева имела довольно стройную структуру. Она делилась на полки во главе с полковниками, но полки эти были построены по принципу не регулярных, а казацких войск. Командиров — сотников, есаулов, хорунжих — выбирали на казачьем сходе (круге) или назначали «с общего согласия». Во всем войске вводились казацкие порядки, и все считались казаками.
6 ноября 1773 г. в Берде была учреждена Государственная военная коллегия. Во главе ее стоял яицкий казак Андрей Витошнов, «судьи» — казаки Максим Шигаев и Иван Творогов, «секретарь» Максим Горшков, «думный дьяк» Иван Почиталин. Казалось бы, Государственная военная коллегия восставших так же копировала Петербургскую государственную военную коллегию, как Пугачев копировал подлинного императора. Однако на самом деле это было не так. Функции пугачевской Государственной военной коллегии были необъятны. Она ведала судом и расправой, поддерживала связь с отдельными отрядами восставших, стремилась направлять их боевую деятельность, вводила казацкое самоуправление, устанавливала связь с заводами, ведала комплектованием Главной армии и отдельных отрядов, обеспечивала их оружием, боеприпасами, продовольствием и фуражом, награждала отличившихся, ведала казной и трофеями, присваивала воинские звания и назначала на командные должности, налаживала письменное делопроизводство и распространение именных манифестов и указов, пыталась претворить в жизнь лозунги и призывы восставших. Пугачев учредил и возглавленную Андреем Овчинниковым Походную канцелярию, непосредственно руководившую боевыми действиями Главной армии. Чтобы придать всем действиям законный, государственный характер, указы и манифесты скреплялись подписями и специальными печатями, изготовленными из серебра и меди.
