В «Журнале Московской патриархии» работали сотрудники, в обязанность которых входило постоянно следить за советской прессой и сообщать о всех статьях, содержавших намеки на религию. Работники этой службы наконец не выдержали и взмолились о пощаде, так как каждый день выходило столь много статей, изобличавших религию, что их физически невозможно было собрать. Впервые после войны начал издаваться антирелигиозный журнал под названием «Наука и религия». Антирелигиозные брошюры и книги выходили миллионными тиражами. Одна из первых была обязана своим появлением бывшему преподавателю семинарии и называлась «Почему я перестал верить в Бога». Под таким давлением несколько священников отступили от веры, и пресса, разумеется, по каждому такому поводу устраивала большой шум.
Больше половины церквей в стране было закрыто. Местные ответственные работники, как правило, делали это грубо, приказывая ломать все, что находилось внутри храма. Иной раз в течение одного дня закрывали до ста пятидесяти церквей[76]. Священники, лишившиеся своих приходов и оставшиеся без всяких средств к существованию, нередко бывали вынуждены идти по миру, чтобы прокормить себя и свои семьи. Значительно уменьшилось число монастырей: из ста, существовавших после войны, осталось лишь шестнадцать. Пять семинарий были ликвидированы. Продолжали существование только три семинарии (в Москве, Ленинграде и Одессе) и две духовные академии (в Москве и Ленинграде).
Возобновились аресты среди духовных лиц, было организовано несколько судебных процессов, но в целом власти предпочитали теперь действовать либо административными методами, ссылаясь на мотивы безопасности, перепланировку города, санитарные условия и т. д., либо оказывая давление на патриархию и духовенство. Вмешивались во все, и прежде всего в перемещение епископов[77].
Упоминание об этих действиях, плохо завуалированных, можно найти в секретном докладе, написанном несколько лет спустя и ставшем известным благодаря утечке. Речь в нем идет о монастырях, но подобным же образом поступали и с церквами: «Руководствуясь указаниями директивных органов, за последние годы на местах проведена значительная работа по сокращению сети монастырей. В этих же целях использовано и возросшее влияние Совета по делам Русской Православной Церкви на патриархию и епископат. Руками церковников было закрыто несколько десятков монастырей. В 1963 году под благовидным предлогом (оползни в пещерах, необходимость исследования грунта и реставрации) была закрыта Киево–Печерская лавра, привлекавшая до 500 тысяч паломников»
