Придя к вожделенной власти, Алексеев с ходу убрал с поста главкома Северного фронта считавшегося его приятелем (и конкурентом на посту Верховного) «брата» по «Военной ложе» генерала Рузского. Тут же подгреб под себя абсолютно все руководство, от чего оперативники генерал-квартирмейстеры Александр Лукомский и Яков Юзефович места себе не находили — он не доверял им ни одной бумажки (Деникин прошел это уже в самом начале войны). Нервный Юзефович бился в истерике и просил назначения на дивизию: «Не могу я быть писарем. Зачем Ставке квартирмейстер, когда любой писарь может перепечатывать директивы».
При этом Алексеев начал окружать себя достаточно экстравагантными личностями, которые в «бонапарты» особо не метили. Понятно, почему такую досаду вызвало назначение «постороннего» генерала Деникина его начштаба.
Весьма странную роль при Алексееве играл его однополчанин по 64-му пехотному Казанскому полку и по Академии Генерального штаба генерал-майор Вячеслав Борисов. Одно время тот чуть не угодил на заметку в жандармерию по подозрению в вольнодумстве, но затем жандармы успокоились — Борисова поместили в варшавскую психушку в связи с расстройством рассудка. Однако оттуда его вызволил однополчанин Алексеев, отчего-то считавший Борисова «гением» и прислушивавшийся к его «идеям». Более того, ввел в свою семью. Супруга Алексеева Анна Николаевна описывала его как человека нелюдимого, замкнутого. «Тяжело было видеть всегда у себя в доме этого мрачного, неряшливого человека, — писала она, — но он вскоре подружился с нашими маленькими детьми, и возня с ними благотворно на нем отразилась, так что даже вскоре он мог вернуться к своему любимому занятию — изучению стратегии Наполеона». Вероятнее всего, именно на корсиканце и сошлись два однополчанина, один из которых сам метил в «бонапарты».
Вскоре бывший пациент варшавской психушки перейдет на сторону большевиков (как, кстати, и другой протеже Алексеева генерал Клембовский), а 27 февраля 1918 года подаст Ленину знаменательную записку, в которой предскажет срок падения Германии — октябрь 1918 года. Именно опираясь на записку Борисова, глава Совнаркома строил планы подписания Брестского мира, рассчитывая на его последующую денонсацию, но уже располагая собственной Красной Армией.
Не зря дворцовый комендант последнего самодержца гене-рал-майор Владимир Воейков называл алексеевскую физиономию «хитрой», причем умеющей принять «еще более хитрое выражение».
