Структура советов более или менее одинакова. Они состоят из членов Opus Dei, которые отвечают за различные области апостольской деятельности (молодежь, супернумерарии и нумерарии), предлагают программы изучения философии и теологии и занимаются административной работой. Кроме прелата, к обоим советам имеют отношение две фигуры — генеральный викарий Окарис и викарий-секретарь, в настоящее время отец Мануэль Дакал Видал. Каждый совет также назначает на должности региональных делегатов, то есть официальных представителей для каждого «региона» Opus Dei, примерно соответствующего стране, таким образом, Франция — регион, Кения — регион и т. д. Члены обоих советов переизбираются раз в восемь лет.
Региональный уровень имеет такую же базисную структуру. Во главе каждого региона стоит региональный викарий или советник, и существует два совета — для мужчин и для женщин. В США региональный викарий — отец Томас Болин, его офис находится в штаб-квартире Opus Dei на Манхэттене на тридцать четвертом этаже.
В больших регионах, таких как США, территория еще подразделяется на «делегации» с той же структурой, то есть викарий и два совета — для мужчин и для женщин. Регионы (или делегации) делятся на центры. Согласно Ежегоднику Ватикана за 2004 год, в мире 1751 центр Opus Dei. Каждым центром управляет директор — мирянин, которому помогает местный совет. Каждый центр должен состоять самое меньшее из директора и еще двух членов Opus Dei. Поскольку центры четко разделены по гендерному принципу, нет необходимости в двух советах.
Центр — основной строительный материал Opus Dei. «Центр» не обязательно должен иметь физическое местоположение, хотя обычно это какое-то жилое помещение или корпоративное учреждение. Однако в теории «центр» — это объединение, организующее средства и способы воспитания и пастырской работы членов Opus Dei в данном районе.
Перед открытием нового центра Opus Dei должен получить разрешение епископа той епархии, где он будет находиться. Согласно каноническому праву, местный епископ может периодически посещать центр и осматривать молельню, дарохранительницу и исповедальню. Если Opus Dei берет на себя руководство приходом данной епархии, как это произошло, например, в приходах Saint Mary of the Angels в Чикаго, Sant’Eugenio в Риме или Святого Томаса Мора в Лондоне, Opus Dei и местный епископ заключают специальное соглашение.
Генеральный съезд
«Генеральные съезды» Opus Dei обычно проводятся раз в восемь лет. Их участники — члены Opus Dei из разных стран. На этих съездах обсуждается апостольская работа прелатуры, и на рассмотрение прелата представляются предполагаемые направления пастырской деятельности прелатуры. Во время съезда прелат обновляет состав советов. При необходимости назначения нового прелата созывается избирательный генеральный съезд. Согласно статусу, прелат избирается из священнослужителей прелатуры, удовлетворяющих требованиям возраста, давности членства в Opus Dei, пастырского опыта и т. п. Папа подтверждает избрание нового прелата и одновременно с этим доверяет ему эту должность. Стоит заметить, что кандидатуру предлагают женщины — делегаты съезда, а голосуют мужчины, что говорит о демократическом характере выборов.
