После достаточно долгого путешествия 23 августа Хуан Австрийский прибыл в Мессину и вступил в командование. Ознакомившись с положением дел, принц передал капитану каждого судна точные инструкции относительно общего плана действий в непредвиденных обстоятельствах и, дождавшись недостающих кораблей, 16 сентября приказал флоту выйти в море. Сам Хуан отбыл на шестидесятивёсельной галере «Реале» с изящной кормой, покрытой резьбой с изображением аллегорических сцен.
Его флот состоял 285 кораблей, включая 16 галеасов и 209 галер под командованием лучших представителей испанских и итальянских дворянских семей.
После десяти дней плавания флот прибыл к острову Корфу. Между тем Али-паша, находясь в Коринфском заливе, постоянно отсылал разведчиков, чтобы осведомиться о силе противника С этой задачей прекрасно справились лёгкие пиратские корабли Улуджа-Али. Его капитаны настолько осмелели, что под прикрытием ночной тьмы приблизились вплотную к христианскому флоту. Однако сведения, которые они доставили, очень сильно разнились, слишком велик был христианский. Али-паша имел в своём подчинении 208 галер и 66 галеотов, из них 11 галер и почти все галеоты принадлежали пиратам Алжира и Триполи. Несмотря на численное превосходство турок, несколько обстоятельств уравнивали силы сторон. Прежде всего, на турецком флоте было всего две с половиной тысячи янычар, вооружённых аркебузами, остальные солдаты были вооружены луками. Кроме того, никто из турок не имел ни лат, ни щитов, а на галерах не было никаких приспособлений для защиты от артиллерийского и ружейного огня. Турецкая артиллерия была значительно слабее, а галеры из-за конструктивных особенностей не могли вести артиллерийский огонь через нос В отличие от турок, солдаты союзного флота имели железные кирасы, или нагрудники, а головы были закрыты шлемами На носах, по приказу Хуана Австрийского, установили щиты, защищавшие солдат от ружейного огня и стрел.
Оба флота внезапно встретились ранним утром 7 октября 1571 года в заливе Лепанто, где уже не раз турки встречались с христианскими флотами в морских сражениях. Дон Хуан приказал немедленно выстроиться в боевую линию. Все заняли свои боевые позиции, а гребцам была выдана дополнительная порция мяса и вина. Те, кто уже встречался с турками на поле боя, мрачно готовились к жестокой схватке, молодежь нервничала в ожидании встречи с врагом Когда адмиралы эскадр предложили обсудить положение на военном совете, Хуан Австрийский ответил однозначно: «Время советов прошло. Ни о чём не беспокойтесь, просто деритесь…» Спокойствие главнокомандующего, бесстрастно взирающего на турецкую армаду, передалось и его капитанам Перед боем главнокомандующий на шлюпке прошёл вдоль строя своих кораблей с крестом в руках и заверил всех, что их дело правое, а все участники сражения уже получили отпущение грехов от папы римского. После этого Дон Хуан развернул над своей галерой стяг с ликом Спасителя и после краткой молитвы отдал приказ атаковать.
