Брагадино сдал крепость на обычных для того времени условиях. Поскольку турки не смогли взять крепость штурмом, венецианцам должны были позволить беспрепятственно покинуть город и отплыть на Крит. Однако в реальности всё пошло не так, как намечалось. Когда командующий турок Мустафа-паша принимал капитуляцию, он внезапно начал обвинять венецианцев в убийстве турецких военнопленных, а затем выхватил нож и отрезал венецианцу ухо. Это был условный сигнал, после которого слуги Мустафы-паши схватили венецианца и отрезали ему другое ухо и нос Одновременно началось избиение христиан в городе. Брагадино же сначала бросили в тюрьму на две недели, где он должен был с гноящими ранами носить на спине мешки с землёй и камнями. Затем его привязали к стулу и подвесили на рее флагманского корабля турецкого флота, на посмешище матросам. В конечном итоге его привели на место казни — главную площадь Фамагусты, где с него живьём содрали кожу. После казни кожу набили соломой, зашили и повесили для развлечения толпы, а затем в качестве подарка отправили султану. Отрубленные головы других венецианских офицеров были развешены на реях венецианских кораблей.
Известие о зверской расправе над соотечественниками вызвало волну возмущения в Венеции и стало одной из причин отчаянной борьбы венецианцев с турками в сражении при Лепанто.
Между тем союзники Венеции, понимая, что изменить что-либо невозможно, и из страха перед надвигавшимся сезоном штормов, после военного совета, приняли решение отвести объединённый флот на Сицилию.
Пока союзники бездействовали, турки продолжали грабёж венецианских владений. Понимая, что при существующей системе командования вступление в бой с турецким флотом равносильно повторению битвы при Превезе, папа Пий V приложил максимум усилий для того, чтобы свести к минимуму противоречия в стане союзников и передать флот под единое командование. Поскольку авторитет папы был непререкаем, он использовал его, чтобы озвучить имя единственного человека, который мог бы объединить христианские силы, — Хуана Австрийского. Сын Карла V, он был довольно молод,[6] но уже считался человеком с богатым боевым опытом. Он уже успел поучаствовать в борьбе с маврами в североафриканских владениях Испании и победил там, где проиграли ветераны варварийских войн. Однако его главным преимуществом было то, что он был братом испанского короля Филиппа II. В отличие от убелённых сединами генералов и адмиралов, он был полон сил и энтузиазма Будучи набожным человеком, он воспринимал борьбу с турками, как борьбу христианства с исламом, и горел желанием раз и навсегда покончить с турецкой экспансией. Религиозное рвение в сочетании с военными талантами давали Хуану необходимые качества лидера, в которых так нуждался союзный флот.
