Несмотря на то что турецкая армия всё равно была больше испанской, одного известия о приближении к осаждённым свежих подкреплений было достаточно, чтобы посеять панику среди турецких солдат. В конечном итоге Мустафа отдал приказ возвращаться домой, и турецкая армия, погрузившись на корабли, отплыла с острова.
Великая осада Мальты дорого обошлась туркам — четверть турецкой армии полегла на поле битвы. Однако и для Мальтийского ордена это было великое испытание: 250 рыцарей — цвет европейского дворянства — пали под турецкими ятаганами, от многих укреплений остались только развалины. Но главная цель была достигнута — турецкой армии был дан хороший урок Череда бесконечных побед была закончена, и отныне турки были вынуждены перейти к обороне, ограничиваясь, как прежде, лишь разбойными набегами на христианские владения.
Гибель Драгута при осаде Мальты привела к очередным перестановкам в североафриканских владениях Османской империи. Когда в 1568 году, после смерти сына Хайреддина Хасана, освободилась должность бейлербея Алжира, Пиали-паша предложил султану кандидатуру Улуджа-Али. К тому времени этот бывший протеже Драгута уже был достаточно известен среди мусульманских пиратов. Итальянец по происхождению, настоящее имя которого Джованни Диониги Галени, должен был стать священником, однако в 1536 году попал в плен к Али-Ахмеду, одному из капитанов Хайреддина Благоразумный юноша после нескольких лет на галерах осознал, что смена религии даст ему свободу, поэтому сменил католицизм на ислам, а заодно и получил новое имя Улудж-Али. Занявшись морским разбоем среди алжирских пиратов, он быстро продвигался по карьерной лестнице, пока не стал капитаном собственной галеры и одним из самых безжалостных капитанов алжирского флота После смерти Хайреддина он перешёл под командование Драгута, участвуя в его рейдах на итальянское и испанское побережье. В 1565 году он получил титул бейлербея Александрии и участвовал в осаде Мальты. Именно ему выпала честь доставить тело своего командира в Триполи и предать его земле. Поскольку титул триполитанского паши оказался вакантен, Улудж-Али с позволения султана занял его и в течение нескольких лет руководил набегами пиратов на побережье Сицилии, Калабрии и Неаполя.
Обширный послужной список и множество побед сделали Улуджу-Али преемником Хайреддина и Драгута, поэтому султан Селим II недолго колебался при выборе нового правителя Алжира Чтобы оправдать выбор своей кандидатуры, новый бейлербей решил по примеру своих предшественников попытать счастья при захвате Туниса Правивший там Хамид не был любим народом за то, что признавал себя испанским вассалом. Улудж-Али решил воспользоваться этим и с пятитысячной армией вторгся в Тунис Хамид не смог организовать сопротивление и сбежал в Испанию, в поисках поддержки у Филиппа II.
