Дальнейшее сражение за Мальту проходило уже без участия Драгута Известие о его смерти вызвало смешанные чувства в турецкой армии. Для простых солдат Драгут был знаменем, вокруг которого объединялись ради единой цели, поэтому его гибель была воспринята как мрачное предзнаменование.
Действительно, несмотря на то что форт св. Эльма, контролировавший Большую гавань, был захвачен, это стоило туркам почти шести тысяч солдат, в том числе половины всех янычар. Подобные потери были катастрофическими для турецкой армии, поэтому дальнейшая осада укреплений была поставлена под вопрос.
Чтобы сломить сопротивление мальтийских рыцарей, Мустафа приказал прибить к деревянным крестам обезглавленные тела христиан и отправить через гавань в сторону мальтийцев. В ответ магистр Ордена Жан де ла Валетт приказал обезглавить всех турецких пленников и выстрелить их головы из пушки в сторону турецкого лагеря. Для обеих сторон это означало, что отныне традиционные правила ведения войны уже не действуют и это будет сражение, в котором пленных брать не будут.
15 июля Мустафа во главе янычар начал штурм Сан-Сан-Анжело то время как алжирские и триполитанские пираты устремились на штурм форта св. Михаила Благодаря мужеству и упорству защитников крепости штурм провалился. Следующая попытка была предпринята 7 августа, но и она закончилась провалом. После этого Мустафа посылал свои войска на штурм с обречённым постоянством. В конечном итоге даже янычары разуверились в возможности захвата мальтийских укреплений и лишь понукаемые угрозами шли на штурм. Попытки осуществить подкоп под крепость и взорвать стены не увенчались успехом — крепость стояла на скале, и турецкие инженеры не смогли пробиться сквозь толщу скальной породы.
Чем дольше турецкая армия находилась на Мальте, тем быстрее приближался период штормов. Мустафа был готов провести зиму на острове, надеясь взять осаждённых измором, но против этого выступил Пиали-паша Он заявил, что флот не может находиться в ненадёжных гаванях острова, а самая удобная бухта острова простреливается рыцарями из крепости. Таким образом, перед главнокомандующим встал выбор — или остаться на острове на свой страх и риск, без поддержки флота, или эвакуироваться.
Последний штурм Мустафа назначил на 7 сентября. К тому времени защитники крепости были настолько истощены бесконечными штурмами, что могли и не выдержать решительного натиска турок Однако 5 сентября стало известно, что им на помощь спешит девятитысячная армия вице-короля Сицилии. Защитники крепости внезапно воспряли духом и готовились с новой силой бороться с врагом.
