Митрополита Филарета раздражал неуемный говорун, суетливый упрямый Гааз, которого опекал князь Голицын, но сердито обличали генерал Капцевич, полицмейстер Миллер, начальники тюрем и конвойных команд… Возмущали митрополита и стремления доктора-иноверца вмешиваться в дела арестантов, осужденных за то, что они восставали против державной церкви, в дела раскольников и сектантов. Гааз осмеливался даже просить о помиловании трех стариков-«беспоповцев», высылаемых в Сибирь за то, что дерзко возражали монаху-миссионеру, который старался вразумить нескольких членов их общины. Гааз писал прошение в Петербург:
«Трогательно для меня несчастье сих людей, а истинное мое убеждение, что люди сии находятся просто в глубочайшем неведении о том, о чем спорят, почему не следует упорство их почитать упрямством, а прямо заблуждением о том, чем угодить Господу Богу. А если это так, то все без сомнения разделять будут чувство величайшего об них сожаления; через помилование же и милосердие к ним полагаю возможнее ожидать, что сердца их и умы больше смягчатся…».
Пререкаться об этом с лекарем-католиком было ниже достоинства митрополита. В то же время именно Федор Петрович выпросил у губернатора разрешение, а у купцов денег и добился постройки на Воробьевых горах православной церкви, заботился о ее украшении и о том, чтобы всех арестантов приводили молиться. И сам Филарет по его просьбе распорядился, чтобы говорились проповеди для каждой очередной партии арестантов, но запретил, чтобы в этот день читали из Евангелия о страстях Христа, и он велел записать в журнал комитета: «Прилично ли молитву Спасителя перед крестным страданием приложить к преступнику перед наказанием его». Гааз хотел было напомнить о разбойнике, распятом рядом с Иисусом, которому тот даровал отпущение грехов, но сообразил, что с митрополитом спорить нельзя. Позднее сам подобрал молитву, приличествующую богослужению для несчастных узников.
В 30-е годы через Москву в Сибирь гнали большие партии поляков — каторжан и ссыльных, осужденных за участие в восстании 1831 г. или за «пособничество» участникам. За многими следовали жены с детьми. На Гааза жаловались, что он постоянно задерживает эти партии, пока все арестанты не исповедуются, не причастятся у ксендзов. Один из членов комитета завел речь о том, что Гааз покровительствует своим единоверцам не в пример православным, «их никогда ради такого дела, небось, не задерживал».
