В то же время ордену не посчастливилось и в отношении к эзельской епископской кафедре. Его кандидат Иодок Гогенштейн не мог занять кафедру вследствие сопротивления капитула и уехал в Рим. Избранный частью зельского капитула Иоанн Фательканне, уроженец г. Риги, занял кафедру, хотя не был утвержден папой и удержался на ней. Он лично выступал в поход против ордена и нанёс ему несколько чувствительных поражений. Он пользовался покровительством Дании, вследствие чего орден, вместо того чтобы его изгнать, вступил с ним в переговоры. Лифляндский орден ещё в 1455 г., т.е. в начале тринадцатилетней войны, заключил союз с Данией, надеясь тем помочь Пруссии. Но он от этого союза не имел действительной помощи. Датский король брал крупные условленные суммы от ордена, от ничтожной части отказался в честь «Девы Марии», но сам ничего не исполнял, к чему был обязан по договору, а между тем, по всей вероятности, энергичное влияние на Эстляндию, от прав на которую она отреклась безусловно при продаже в 1346 г., Дания приобрела путём покупки несколько важных ленов в Эстляндии и выдала их преданным ей вассалам (бывшим, впрочем, большею частью немецкого происхождения). Когда эзельский епископ Фательканне в 1468 г. умер, то Иодок, постоянно боровшийся со своим соперником, занял кафедру, но снял орденское платье и вступил в связь с врагами ордена.
В то же время орден страдал от внутренних раздоров, суть которых ещё недостаточно выяснена. Капитул, происходивший в феврале 14б8г. в Риге, лишил ландмаршала Гердта фон Маллинкродта должности. Брат Гердта Гельмих, дерптский епископ, месяц спустя сам отрекся от должности, назначив себе преемника. Мы не знаем, есть ли связь между этими действиями, но мы знаем, что Гельмих прежде был сторонником ордена и противником архиепископа Сильвестра. Отставленный ландмаршал не уехал из Лифляндии, а укрепился в замке Доблен, и магистр не изгнал его оттуда силою оружия. Он, напротив, разрешил ему выйти из замка под условием, чтобы он уехал из Лифляндии и в Германии перешёл в другой орден. Маллинкродт уехал, но из Тевтонского ордена не вышел, так как в Пруссии не настаивали на этом. Он вступил в соглашение с братьями Аксельсон, из которых один был шведский начальник на Готланде, а другой — фогтом в Выборге в Финляндии, и они отправили несколько кораблей, которые должны были опустошить берега Лифляндии.
В августе 1469 г. умер магистр Иоганн фон Менгден, и тело его было похоронено в Рижском соборе, но архиепископ Сильвестр, продолжая ненавидеть своего противника и после его смерти, не позволил соорудить на его могиле памятник, обещанный ему при жизни.
