Между тем в Пруссии вспыхнуло открытое возмущение. В начале 1454 союз владел 56 орденскими замками, изгнав из них начальников, и все города, за исключением одного Мариенбурга, присоединились к нему. Король Казимир IV стал открыто поддерживать союз и объявил ордену войну, после того как города в Торне присягнули ему Лифляндский магистр посылал в Пруссию деньги и войско, но великий магистр оставался неподвижно в Мариенбурге, и только эльбинский командор Гейнрих Рейс фон Плауен взялся за подавление восстания. С помощью лифляндцев он взял Кенигсберг (Кнейпгоф и собор) и назначил лифляндский гарнизон в Мемеле, который, изгнав оттуда литовцев, занявших было его, держался там до 1473 г. На море причиняли морские разбойники из Данцига большой вред кораблям, ехавшим из Ревеля или Риги в Германию или обратно. Несмотря на все усилия и на существенную поддержку Лифляндии, орден проиграл игру. Великий магистр не мог удовлетворить наёмников (бывших преимущественно из Богемии) и, передав им уже раньше в залог Мариенбург, покинул 5 июня 1457 г. в день св. духа этот главный замок ордена, который наёмники вслед затем изменнически выдали польскому королю. Он сам переехал в Кенигсберг. Здесь он в апреле 1459 г. в благодарность за оказанные услуги подписал грамоту, в силу которой назначение лифляндского магистра впредь становилось проще; капитул получил право предлагать лишь одного кандидата, и великий магистр обязывался утверждать его. Согласно этому постановлению и происходили следующие назначения магистров. Вместе с тем, по грамоте 1459 г., Гаррия и Вирляндия освобождались от присяги великому магистру и подчинялись, следовательно, непосредственно и исключительно лифляндскому магистру. Но это постановление было скоро отменено, ибо лифляндские магистры и после 1459 г., как и прежде, принимали присягу Гаррии и Вирляндии от имени великого магистра, и только много позднее (в 1525 г.) великий магистр освободил Гаррию и Вирляндию формально и окончательно от присяги. Лифляндский орден участвовал как в дальнейшей борьбе, так и в дальнейших переговорах с Польшей. По второму Торнскому миру, заключённому 19 октября 1466 г., прусский орден уступил Польше свои владения к западу от Вислы, т.е. свои лучшие владения и города (например, Данциг), и великий магистр сделался вассалом польского короля. Политическое положение Лифляндии вследствие этого мира не изменилось; но, конечно, и для неё было не безразлично то обстоятельство, что верховный правитель ордена сделался вассалом чужой, притом чаще всего враждебной, державы.
