Победу одержала не церковь. Если бы она победила, то колония едва ли удержала бы свою независимость. Ни один епископ, ни все епископы вместе не имели довольно силы, чтобы отразить угрожавшие со всех сторон опасности. Учреждая орден и в его лице постоянное войско, епископ Альберт давал себе точный отчёт и хорошо представлял те условия, среди которых ему и его преемникам приходилось действовать.
По поводу приобретения Дюнамюнде возникли при курии бесконечные процессы. Папский суд то отлучал орден от церкви, признавая приобретение Дюнамюнде незаконным, хотя орден получил согласие от генерального капитула в Сито, то учреждал его права на Дюнамюнде. От этих колебаний ордену угрожали серьёзные опасности, делавшие иногда даже его дальнейшее существование сомнительным. При виде этого зрелища невольно напрашивается сравнение с делом разбогатевшего и получившего громадное влияние ордена тамплиеров, происходившим почти в то же время, с обвинениями против него с его осуждением и уничтожением. Противники Тевтонского ордена в Лифляндии возводили и на него те же преувеличенные и искажённые обвинения. Старались уличить и его в ереси или богохульстве. Назначенные папой судьи приезжали в Ригу и производили здесь допросы свидетелей, для того чтобы составить суждение о возникновении и ходе спора. Обвиняемого не допрашивали; вину его считали доказанной. В 1312 г. последовал папский приговор, осудивший орден. Но орден не подчинился приговору и не выдал Дюнамюнде; да и кому же он должен был его выдать? Права архиепископа, требовавшего его для себя, были сомнительны. Тем не менее, папа Климент V отлучил орден от церкви.
Между тем, искусные прокураторы при курии старались смягчить последствия приговора и в самой Лифляндии старались примирить враждовавших, ибо все страдали от этого спора.
Избранного в 1313 г. магистра Гергарда фон Иорка встретили с доверием. Съезд разных правителей (в их числе был также Ревельский епископ), датских вассалов из Эстляндии, эзельского епископа и его вассалов, происходивший в Возеле, обратился 5 мая 1313 г. с увещаниями к ордену и к городу Риге. Орден был готов к уступкам; но на всякий случай обеспечил себя, заключив 23 апреля 1316 г. в Зегевольде союз с рижским капитулом и архиепископскими вассалами, направленный, правда, прямо против архиепископа Фридриха. Дело примирения делало успехи; город уже изъявил согласие при известных условиях отказаться от союза с литовцами. В это время был получен приказ от папы, испортивший всё дело. В этом приказе папа Иоанн XXII предписывал ордену отказаться от всех союзов (также от важного союза 1304 г.) с епископами и вассалами и беспрекословно выдать Дюнамюнде. Из этих предписаний одни имели основание (особенно относившееся к последнему союзу 1316 г.), другие были для ордена совершенно неприемлемыми и могут быть объяснены только неудовлетворительной осведомлённостью курии.
