Петр неоднократно привлекал Федора Салтыкова к налаживанию работы нарождавшегося Санкт-Петербургского Адмиралтейства. Он участвовал в разработке чертежей первых закладывавшихся там кораблей и оказывал помощь в организации технологического процесса их строительства.
По свидетельству видного историка отечественного флота декабриста Н. А. Бестужева, имя Федора Степановича в начале XVIII в. стояло в одном ряду с именами лучших английских и голландских корабельных мастеров, участвовавших в создании кораблей для русского Балтийского флота.
После разгрома шведов под Полтавой международная обстановка для России складывалась благоприятно. Стремясь воспользоваться этим, Петр принимал эффективные меры для усиления мощи зарождавшегося Балтийского флота. В дополнение к кораблям и фрегатам, строившимся на верфях Санкт-Петербурга, Ладоги и Архангельска, он решил приобрести еще несколько таких судов за границей. Чтобы выяснить возможности заказа или покупки готовых судов у иностранных судопромышленников и судовладельцев, Петр в 1708 г. направил за границу Федора Салтыкова. Салтыков совершил морем переход из Архангельска в Копенгаген на борту датского корабля. Собрав необходимые сведения, царский посланец возвратился в Санкт-Петербург и толково доложил обо всем Петру.
Внимательно проанализировав сведения, сообщенные Салтыковым, Петр через три года снова решил отправить его за границу, на этот раз в еще более длительную командировку, приказав сдать заведование Олонецкой верфью другому кораблестроителю.
Таким образом, Федору Салтыкову довелось управлять Олонецкой верфью в течение восьми лет – с 1703 г. по 1711 г. За это время там было построено 2 корабля, 11 фрегатов, 9 шняв, 1 бомбардирский корабль, 4 буера, 4 транспорта, 60 галер и скампавей, 1 гальот, 1 пакетбот – всего 93 судна. Под руководством Федора Салтыкова Олонецкая верфь выполнила поставленное перед ней задание, создав первоначальное ядро Балтийского флота. В дальнейшем, по мере развития кораблестроения в Санкт-Петербургском Адмиралтействе, значение Олонецкой верфи стало падать.
В 1711 г. на Федора Салтыкова царь возложил еще более ответственную, да притом секретную, миссию. Втайне от Швеции и поддерживавшей ее Англии он должен был заказать на иностранных верфях или закупить у судовладельцев для России многопушечные корабли, а затем обеспечить их безопасный переход в отечественные порты. От Салтыкова требовалось, чтобы он как опытный кораблестроитель сумел приобрести только добротные корабли, притом за минимальную цену. Ему необходимы были также и дипломатические способности для выполнения этого деликатного поручения.
