После Нарвы Федор Салтыков был отпущен Петром на побывку к отцу в Азов, где ознакомил местных кораблестроителей с последними новинками зарубежной кораблестроительной техники. Возвратившись в Москву, молодой кораблестроитель сделал Петру подробный доклад о положении со строительством судов на Азовских верфях.
До конца 1702 г. Федор Салтыков работал у Татищева на Сясьской верфи, где участвовал в постройке фрегатов, а затем был направлен в Ло-дейное поле в помощь Александру Меншикову, который создавал там новую большую судостроительную Олонецкую верфь. Молодой кораблестроитель начал строить там первые суда для Балтийского флота. Петр часто бывал в Лодейном поле, интересовался деятельностью Салтыкова, был ею доволен. В 1703 г. Петр произвел его в корабельные мастера и назначил главным кораблестроителем при коменданте новой Олонецкой верфи Яковлеве. Таким образом, Федор Степанович Салтыков стал первым в России отечественным корабельным мастером, которому официально было присвоено это звание.
По замыслам Петра Олонецкая верфь должна была стать головной при создании первоначального ядра Балтийского флота. Он дал наказ Салтыкову максимально форсировать работы и направил в его распоряжение лучших отечественных и иностранных кораблестроителей. Под началом Федора Салтыкова работали такие маститые корабельные мастера, как англичане Най, Козенц и Броун, многие голландцы, а также наши соотечественники Скляев, Ментиков, Пальчиков, Немцов и другие. С помощью таких соратников Федор Салтыков смог к весне 1703 г. полностью ввести встрой Олонецкую верфь и произвести массовую закладку на ее стапелях сразу нескольких десятков судов. Это был небывалый в практике отечественного кораблестроения случай такого массового строительства судов на одной верфи. Тогда же на верфи сам Петр заложил по собственному чертежу 32-пушечный фрегат „Олифант", который строил затем вместе с Иваном Немцовым.
Несмотря на то, что управление верфью отнимало много времени, Салтыков продолжал непосредственно участвовать в постройке судов. Он разрабатывал чертежи многих судов, по некоторым сам же закладывал и строил суда. Именно в ту пору Салтыков по своему чертежу построил 28-пушечный фрегат,,Флигель-де-Фам", затем вместе с Гаврилой Меншико-вым строил „государевы" суда – 18-пушечные шнявы „Диана" и „Наталья". Там же на Олонецкой верфи Салтыков построил транспортное судно и несколько скампавей для галерной эскадры Балтийского флота. Особенно доволен был Петр тем, что Салтыков сумел до окончания кампании 1703 г. обеспечить завершение постройки Геренсом 28-пушечного фрегата „Штандарт", который царь сам повел из Ладоги в Санкт-Петербург.
