Феодора была весьма религиозна и покровительствовала священникам-монофизитам: способствовала избранию патриархом Анфима, а после его низложения в 536 году укрывала его двенадцать лет в тайной келье своего дворца, где было устроено подобие монастыря. Ее биограф, епископ Иоанн Эфесский сообщает, что Феодора, втайне от Юстиниана, отправила миссионеров-монофизитов к племени нобадов в Нубию:
«Царица горела ревностью Божией, она приняла (его) с радостью и обещала, что будет сделано все, чтобы отвратить этот народ от заблуждения почитания идолов».
Прокопий Кесарийский:
«…они в своей совместной жизни ничего не совершали друг без друга. Долгое время всем казалось, что они всегда совершенно противоположны друг другу и образом мыслей, и способом действий, но затем стало понятно, что они намеренно создавали такое представление о себе, чтобы подданные, составив о них единое мнение, не выступили против них, но чтобы представление о них у всех подданных разделилось».
«У Юстиниана всякое дело шло легко не столько потому, что он был остер умом, сколько потому, что он, как было сказано, по большей части обходился без сна и являлся самым доступным человеком на свете. У людей, хотя бы и незнатных и совершенно безвестных, была полная возможность не только явиться к тиранну, но и иметь с ним тайную беседу. Попасть же к василисе было невозможно даже кому-либо из архонтов, разве что он потратит на это массу времени и труда, но все они с рабским усердием постоянно пребывали в ожидании, все время находясь в узком и душном помещении. Ибо отсутствовать здесь для любого из них означало подвергнуть себя смертельной опасности. Все это время они стояли на цыпочках и каждый изо всех сил старался держать голову выше, чем соседствующие, чтобы евнухи, выходя, могли его заметить. Приглашались же лишь некоторые из них, и то с трудом и по прошествии множества дней, а войдя к ней, они в великом страхе как можно скорее удалялись, лишь пав перед ней ниц и коснувшись краешком губ ступней обеих ее ног. Говорить с ней или просить ее, если она сама не повелевала этого, было недопустимо. Государство погрязло в раболепии, получив в ее лице надсмотрщика рабов».
И если василевс возлагал на кого-нибудь какое-либо поручение помимо ее воли, дела у этого человека принимали такой оборот, что вскоре он с великим срамом отрешался от должности и погибал самой позорной смертью.
«…Сенат сидел, словно изображение на картине, не являясь господином своих решений и не обладая влиянием для доброго дела, но собирался лишь для вида, ради соблюдения древнего закона, поскольку никому из собравшихся здесь вообще не позволялось подавать голос, василевс же и его супруга обычно делали вид, будто они разошлись во мнениях, хотя все у них между собой было уже решено. Если кому-нибудь казалось небезопасным то, что он выиграл тяжбу незаконным образом, он, дав этому василевсу еще сколько-то золота, немедленно добивался того, что издавался закон, идущий вразрез со всем тем, что было установлено ранее. Но если кто-нибудь другой просил восстановить этот упраздненный закон, то автократор отнюдь не считал недостойным вернуться к нему и восстановить его. Никакого постоянства власти не существовало, но весы правосудия колебались из стороны в сторону, склоняясь туда, куда влекла их большая тяжесть золота».
