Восстание Бэкона началось с конфликта по поводу того, что делать с индейцами, которые жили поблизости, у западных границ колонии, постоянно угрожая ей. Белые поселенцы, чьи интересы были проигнорированы при распределении огромных земельных наделов вокруг Джеймстауна, ушли в поисках свободных земель на запад, где и столкнулись с коренными жителями Америки. Были ли эти виргинцы из пограничных районов возмущены тем, что политиканы и земельные аристократы, контролировавшие колониальную власть в Джеймстауне, сначала вытолкнули их на западные индейские земли, а потом проявляли нерешительность в борьбе с аборигенами? Этим можно объяснить характер бунта, который сложно классифицировать как антиаристократическое или антииндейское выступление, поскольку в нем были элементы и того, и другого.
А губернатор Уильям Беркли со своей джеймстаунской свитой — не заняли ли они более примирительную позицию по отношению к индейцам (ведь некоторых из этих людей они сделали своими шпионами и союзниками), после того как монополизировали земли на востоке, чтобы использовать белых жителей фронтира как буфер и гарантов необходимого мира? Похоже, что у властей в их отчаянных усилиях по подавлению восстания был двойной мотив: с одной стороны, выработка политики в отношении туземцев, которая вызвала бы среди племен раскол, с целью установления контроля над ними (ведь в Новой Англии в то же самое время сын вождя Массасойта Метаком угрожал объединить под своим началом племена и нанес серьезный ущерб поселениям пуритан в «войне короля Филиппа»); с другой — необходимо было приучить белых бедняков в Виргинии к мысли, что от восстания нет проку, показав превосходящие силы, вызвав подкрепление из самой Англии и устроив массовые повешения.
Эскалация насилия происходила на фронтире и до мятежа. Группа индейцев доэгов забрала несколько домашних свиней для возмещения долга, и белые, вызволяя животных, убили двух туземцев. Тогда доэги убили белого пастуха, после чего отряд белых ополченцев уничтожил 24 индейца. В свою очередь это привело к индейским набегам, численно превосходившие поселенцев аборигены прибегли к партизанским методам. Палата депутатов в Джеймстауне объявила краснокожим войну, одновременно предложив не трогать тех из них, кто склонится к сотрудничеству. Похоже, это разозлило жителей пограничья, которые требовали тотальной войны, но при этом сопротивлялись повышению налогов на оплату военных расходов.
