Побывав во всех портах Японии, открытых для европейской торговли трактатами 1855 и 1858 гг., и в Шанхае, фрегат вернулся в Нагасаки, где можно было дешево провести судовой ремонт. Местом у храма Госиндзи большинство моряков остались довольны. Хотя и отдаленное от города, оно было изолировано от лишнего внимания, а расположение храма на южном склоне идеально отвечало требованиям укрепления здоровья. Вдали от городского шума и вредных испарений воздух здесь был очень чистым, а туманы, неизбежные спутники приморских поселений, доползали лишь до середины горы. Небо почти никогда не затягивалось облаками, и больные могли целый день находиться под живительными лучами солнца.
Нашлось место и для фрегата: в небольшой бухточке, защищенной от южных ветров. На берегу имелась ровная площадка, удобная для устройства склада и адмиралтейства. Ее купили за 27 рублей. После продолжительного перехода морякам предстояла большая работа по очистке судна. «На дне трюма, — писал корабельный врач, — находились целые болота гниющих масс, издававшие удушливый запах. Перегнившая пенька, щепа и замасленные вещи составляли основание этого болота, которое в кампании увеличивалось все более и более».
В течение двух недель «Аскольд» полностью разоружили, свезя на берег артиллерию и запасы. За это время подготовили и помещения храма Госиндзи. Команду повели туда торжественно, строем. Русские принесли с собой к храму три пушки, баркасное орудие, поставленное на десантный станок, два горных орудия, ружья и штуцера. Это был первый случай, когда иностранцы свезли на берег оружие, не спросив разрешения у японцев. Доверие было полным. Это был и первый военный парад, на котором русские продемонстрировали не столько оружие, сколько гордость за свою нацию.
После команды на берег перебрались офицеры. Власти предложили командиру русского корабля снять для офицеров помещения в городе. До этого никто из иностранных командиров не получал такого предложения, но русские офицеры не захотели жить в стороне от команды: такое разделение могло дурно подействовать на матросов. В храме сразу же организовали госпиталь, в котором разместили 26 самых тяжелых больных. Отдых и лечение позволили остановить распространение болезней и спасти тех, чье заболевание не зашло слишком далеко. Благодаря заботам доктора Помпе и корабельного врача, а также улучшению условий жизни, здоровье моряков стало восстанавливаться. Поднялись на ноги даже те, кого уже совсем собирались отпевать. В отчете корабельного врача есть строки о том, что в противном случае эпидемии грозили уничтожить весь экипаж, и корабль мог бы вовсе не вернуться в Россию.
