Тяжелый удар, обрушившийся на русский народ, нападение монголо-татарских полчищ, был ощутим и в Новгороде. К тому же вскоре положение Новгорода стало еще более серьезным в связи с усилившейся опасностью, угрожавшей с Запада. Однако, уже в 90-х годах XIII века, после нанесения сокрушительного удара по ливонским рыцарям, положение резко изменилось. Единственный из русских городов, сохранивший полностью памятники своей прошлой культуры и не растерявший за время монголо-татарского нашествия старые культурные традиции, Новгород вступил в полосу нового расцвета своей культуры. Строительство, вновь развернувшееся в последнее десятилетие XIII века, продолжалось непрерывно вплоть до присоединения Новгорода к Москве, в конце XV века.
В качестве строителей храмов, как и в конце XII века, выступали представители крупнейших боярских фамилий, посадники, иногда корпорации купцов; много церковных, гражданских и даже военных построек вел новгородский архиепископ. Дошедший до нас памятник конца XIII века – церковь Николы на Липне, выстроенная архиепископом в 1292 году архиепископом Климентом, свидетельствует о том, что в традиционном типе храма, широко распространенном в новгородском зодчестве второй половины XII века, произошли существенные изменения.
Новгородцы отказались от старой системы посводного (по закомарам) покрытия. Новую структуру сводов отражало трехлопастное покрытие церкви Николы. Отказ от трехчастного членения на фасадах придал церкви еще большую монолитность. Зодчий церкви Николы впервые отказался от боковых абсид, одновременно опустив центральную до половины высоты храма. Отличительной чертой церкви является вытянутость пропорций, ранее не встречавшаяся в новгородских памятниках. Отмечается также некоторая роль романского зодчества, откуда новгородский зодчий черпал отдельные конструктивные детали и отдельные конструктивные элементы композиционного решения, не нарушавшие старой традиционной схемы здания в целом.
Существенной особенностью церкви Николы является новая техника кладки. Характерной чертой новгородского зодчества XIV – XV веков становится кладка на плиты. Системы чередования рядов кирпича и камня здесь уже нет. В этой технике выстроены не только все церкви Новгорода и его пригородов, но и все крепостные сооружения.
Фресковая роспись церкви Николы на Липне почти полностью скрыта под малярной записью 1877 года. Незначительные фрагменты древней стенописи, избежавшие реставрации XIX века, сохранились за иконостасом и позднее были раскрыты. Расположенная на алтарных столбах композиция Благовещения и на примыкавшем своде композиция «Три отрока в пещи огненной» характеризуют николо-липенскую роспись как памятник, являющийся промежуточным звеном, соединявшим новгородскую монументальную живопись домонгольского период с замечательным циклом росписей середины и второй половины XIV столетия.
