Однако народная активность в защиту архипастыря не ослабевала По городу ежедневно разъезжала телега с надписью: «В тюрьму для епископа хлеб». Пищи набиралось такое количество, что владыка кормил чуть ли не всех заключенных. Кое-как усыпив бдительность народа, следившего за тюрьмой и железнодорожной станцией, большевики вывезли архиерея в Читу, а оттуда потом в Москву. В Москве обычно привезенных архиереев выпускали на некоторое время на свободу. Какое-то очень авторитетное лицо шепнуло владыке Евгению: «Вы будете на свободе, только не ходите к патриарху Тихону». ГПУ искало расколов и враждебных действий против патриарха. Но, конечно, владыка у патриарха тотчас был, и скоро был арестован и сослан в Соловки. Здесь он имел скорби и тревоги о своей пастве. Обновленческий епископ, некий Даниил, снова пытался захватить кафедральный собор, но безуспешно, зато свой же диакон Лонгин Греков после всенощной на св. Петра и Павла вывез вместе с чекистами все ценности собора, и в ту же ночь старый деревянный собор сгорел. Его никто и не тушил. Диакон в газетах объявил о снятии сана, призывая все духовенство следовать его примеру.
Владыка Евгений пробыл в Соловках три года (1924–1926), далее получил ссылку в Зырянский край также на три года. В 1929 г. получил освобождение с ограничениями, жил в Котельничах Вятской губернии, а затем управлял Пермской епархией. С какими перерывами или без перерывов это происходило, неизвестно, но в 1937 г., когда началось поголовное уничтожение всего епископата и на свободе на всю Россию не оставалось десяти епископов, владыка Евгений, уже митрополит Нижегородский, был арестован, и больше о нем никаких сведений нет и по сей день.
Богослужение его отличалось величием, покоем и благоговением; это чувствовали и отмечали, получая глубокое удовлетворение. Это был постник, невзирая ни на какие условия лагерной жизни, когда в пище не приходилось разбираться. Он был верен своему порядку и никогда не вкусил кусочка мясной пищи вообще, или рыбы в неположенное время. Казалось, что это человек нежного телосложения, но он носил самое грубое холщевое белье, которое и достать то в наше время было трудно. Высоко образованный вообще и богослов, компетентно рассуждавший по всякому теоретическому вопросу, он был житейски глубоко мудр, всегда тактичен и спокоен. Пастырям делал замечания наедине в самой мягкой форме, сомневающегося и неверующего провожал побежденным, скорбящего — ободренным. В нем была притягательная сила истинной духовной власти. Для остатка соловецких монахов-рабочих он являлся святейшим авторитетом, власть которого простиралась в область, которая недоступна пониманию людей внутренне недуховных. Заболел монах, которому большевистское соловецкое начальство, как неспособному к работе, предложило выехать на материк. Но на материке он также был бы никому не нужен, и там ему не было пристанища. Выяснив все это в разговоре с больным, владыка Евгений сказал ему, что ему лучше бы умереть в монастыре, как это задано по монашескому обету. Монах согласился: «Благословите и помолитесь». «Бог тебя благословит», — сказал владыка. И через несколько дней монах умер по молитвам своим и владыки. Необходимость этой смерти была Богу представлена и Им услышана.
