В январе 1928 г. последовало отделение Ярославской церковной области, и за это отделение архиепископ Серафим Углический был сослан в Могилев, в его окрестности, а митрополит Иосиф в Моденский монастырь Новгородской губернии. Митрополиту Агафангелу запрещен выезд из самого города Ярославля. Епископ Евгений Ростовский арестован, и на всю Ярославскую церковную область остался один епископ Варлаам, находящийся при больном митрополите Агафангеле.
Ярославцы не образовали нового церковного центра, и каждому епископу предоставили действовать за свой личный страх и совесть. Митрополит же Сергий, прикрывшись 15 правилом Двукратного Собора, встал в положение не обвиняемого, а судьи, в то время, как митрополит Агафангел был лишен своих верных помощников, оставшись без всякой поддержки. Были посланы митрополитом Сергием к митрополиту Агафангелу депутации — митрополит Серафим Тверской и архиепископ Сильвестр Вологодский, каковые не имели успеха.
После послан был архиепископ Иувеналий, бывший Курский, а затем Рязанский, прибывший из Соловков и состоявший членом Синода митрополита Сергия. После ездил епископ Герман, прибывший из ссылки (епископ Вязниковский). Но все эти депутации не имели успеха. Старец Агафангел, хотя и лишенный поддержки, остался непреклонен, только согласился дать разъяснение, что «мы никакого раскола не учиняем, принципиально власть заместителя не отрицаем, никого от заместителя не отторгаем, но никаких его распоряжений, противных нам и народной совести, не исполняли и исполнять не будем». К сему разъяснению присоединились и его викарии, главным образом, чтобы сохранить единство со своим митрополитом — Ангелом Ярославской Церкви, и заградить уста своих врагов — сторонников митрополита Сергия — и уста своих братии, не понимающих их ревности о славе Божией и о свободе и благе Святой Церкви. Это разъяснение, от 10 мая 1928 г., отняло у митрополита Сергия причину наложить, хотя и неправильное, запрещение в священнослужении. Цена этому запрещению следующая: архиепископу Серафиму Углическому одновременно с запрещением в священнослужении был предложен митрополичий белый клобук и любая епархия, только прими назначение от митрополита Сергия и его Синода, но он ответил, что предпочитает страдать за Церковь.
Отпевали его действительно члены Сергиевского Синода, так как митрополиту Сергию надо было создать видимость примирения с ним митрополита Агафангела, а иерархи, не признающие митрополита Сергия, не были советской властью допущены в Ярославль для отпевания митрополита Агафангела.
