Он первый строго осудил в послании своем появившуюся «живую церковь», как самозванную, с претензией на бесчинный пересмотр священных догматов и канонов Церкви.
Он был вторым заместителем Святейшего патриарха Тихона, но в свое время большевики не допустили его к исполнению этих обязанностей.
Митрополиту Агафангелу не позволили выехать из Ярославля, а затем он был осужден на принудительные (фактически же нередко — каторжные) работы и выслан по этапу. По сообщениям заграничных газет, часть пути престарелого иерарха гнали пешком в лютую стужу.
Заместитель патриарха Тихона, митрополит Агафангел находился в ссылке в Нарымском крае, в глухом поселке, в 200 верстах от села Копышева. После ареста в Ярославле, с августа по 28 декабря, митрополит пробыл на Лубянке в тюрьме ГПУ в ожидании следствия и суда, но таковых не дождался, и, по распоряжению ГПУ, был выслан в Нарым под надзор местной ЧК. Небезынтересно, что в бытность митрополита Агафангела в Ярославле, незадолго до его ареста, к нему явилась депутация от «живой церкви», которая обещала ему свою поддержку и сохранение за ним митрополии в случае, если он признает догматы «живой церкви» и примет участие в ее работе. Митрополит отказался и вскоре был арестован.
Викарные епископы Ярославской епархии были арестованы тотчас же после ареста митрополита и без суда высланы по приказу из Москвы. Служить в ссылке митрополиту запрещено. Сосланному митрополиту в то время было около 70 лет, но он терпеливо переносил все лишения, питаясь голодным пайком, который не всегда аккуратно выдавался ему местным советом. Следует еще заметить, что, прежде чем достичь места ссылки, престарелому митрополиту пришлось вынести много мытарств в пути, так как большевики, очевидно, с целью глумления, заставили его отправиться в ссылку по этапу, пересылая его вместе с группой осужденных преступников из тюрьмы одного города в тюрьмы других городов. Через некоторое время митрополит Агафангел был освобожден и возвратился на свою кафедру.
В 1926 г., считая, что митрополит Сергий неправильно восприял права заместителя патриаршего местоблюстителя, почивший объявил себя, согласно письменному указанию Святейшего патриарха и резолюции патриаршего местоблюстителя высокопреосвященного митрополита Петра, заместителем его, но затем, ради церковного мира, отказался от своих прав. Когда же митрополит Сергий объявил свою ужасную декларацию, митрополит Агафангел категорически отклонил ее и отделился от него.
