В рамках операции „TICOM“ американцы переманили себе на службу многих немецких дешифровщиков сразу же после войны, что позволило им взломать советские шифры. До 1948 года, когда СССР благодаря своим разведчикам узнал о том, что его шифры читаются, и провел их радикальную смену, Агентство армейской безопасности (ААБ, Army Security Agency, ASA) — предшественник нынешнего Агентства национальной безопасности (АНБ, National Security Agency, NSA) — могло читать радиограммы, которыми обменивались Советская армия и органы госбезопасности и разведки Москвы, благодаря чему ААБ удалось составить полную картину ситуации в советской национальной безопасности.
Уже в июле 1946 года состоялся первый в истории Холодной войны обмен агентами. 14 июля 1946 года американцы в Берлин-Ваннзее арестовали трех сотрудников бранденбургского оперативного сектора НКВД. СВАГ передала американцам меморандум с требованием отпустить задержанных. Так как американцы не торопились это делать, начальник НКВД в СОЗ генерал-полковник Иван Александрович Серов и маршал Соколовский решили задержать нескольких американских военных, находившихся в СОЗ без соответствующего разрешения. Спустя несколько дней сотрудники советской контрразведки арестовали в 60 километрах от Берлина американского офицера Сэмюеля Харрисона. Чуть позже были задержаны капитан Кобин и лейтенант Хэйт при попытке вести наблюдение за специальным лагерем НКВД. Последующее расследование доказало, что оба офицера являются сотрудниками американской разведки. Теперь, когда уже США просили об освобождении своих офицеров, препятствий к обмену больше не было. Сначала американцам вернули Харрисона, американцы же отпустили советских офицеров. Тогда русские освободили Кобина и Хэйта.
В 1946 году произошли важные структурные реформы в аппарате безопасности в СОЗ. В марте 1946 года прежние наркоматы были переименованы в министерства. Таким образом, НКВД стал называться Министерством внутренних дел (МВД), а НКГБ — Министерством государственной безопасности (МГБ). Одновременно Сталин попытался ограничить полномочия министра внутренних дел Лаврентия Павловича Берия и его спецслужб. Вместо Берия министром внутренних дел стал Сергей Никифорович Круглов, которому Берия не доверял. В мае 1946 года один из самых близких Берия людей потерял свой пост. Всеволод Николаевич Меркулов, прежний министр госбезопасности, был сменен на своем посту бывшим шефом «Смерш» Абакумовым. Полномочия Абакумова были при этом существенно расширены Сталиным, когда 4 мая 1946 года входивший прежде в Министерство обороны «Смерш» был возвращен в структуру МГБ. Из «Смерша» было образовано Третье главное управление МГБ, которое, как и прежде, отвечало за военную контрразведку. В основных чертах эта структура МГБ не изменялась до его слияния с МВД в марте 1953 года.
