За контрразведку в дислоцированных в Советской оккупационной зоне частях Красной Армии во время Второй мировой войны отвечал «Смерш». Эта контрразведывательная служба, созданная в 1943 году из особых отделов НКВД в войсках и формально подчиненная Народному комиссару обороны, возглавлялась генерал-полковником Виктором Семеновичем Абакумовым. Сотрудники «Смерш», отвечавшие за контрразведывательное обеспечение Красной Армии, флота и войск НКВД, на самом деле оставались в теснейшем контакте с НКВД. Абакумов даже не посчитал нужным переехать из своего кабинета на Лубянке в здание Наркомата обороны.
После немецкой капитуляции в мае 1945 года группа офицеров «Смерш» устроила на вилле фон Мирбаха в Потсдаме штаб-квартиру Управления контрразведки (УКР) Народного комиссариата обороны. Даже когда штаб советских оккупационных войск в 1946 году переехал в городок Вюнсдорф к югу от Берлина, ванная контрразведка осталась в Потсдаме. Хотя такое разделение порой приводило к сложностям, военная контрразведка так и пребывала в Потсдаме до самого вывода российских войск в 1994 году. По мнению советских контрразведчиков сначала причины этого были в недостаточной инфраструктуре в Вюнсдорфе, где просто не было достаточного количества казарм и служебных зданий для большого количества войск. Позже все попытки устранить это географическое разделение, нередко вызывавшие проблемы с координацией и согласованием, сорвались из-за нехватки денежных средств.
Управление контрразведки одновременно отвечало и за защиту советских войск от иностранного шпионажа и за политическую благонадежность военнослужащих ГСОВГ, являясь главным противником западных разведок. В задачи УКР входило выслеживание вражеских шпионов с целью их ареста или перевербовки и использования как двойных агентов. Информаторов УКР вербовало из числа советских военнослужащих, а также немцев, проживавших поблизости мест дислокации советских войск.
Благодаря богатому опыту «Смерш» первые успехи не заставили себя ждать. Уже в августе 1945 года контрразведка арестовала в Эрфурте одного шпиона, работавшего на англичан и пытавшегося выведать настроения в Красной армии. Кроме того, британцы поручили ему собирать информацию о воссозданной Коммунистической партии Германии (КПГ) и о других антифашистских организациях, о взаимоотношениях русских и немцев, о реакции немцев на мероприятия СВАГ и материал о демонтированных предприятиях. В то время американская сторона располагала очень слабой информацией о структуре советской контрразведки, так как контрразведка самой американской армии тогда занималась в основном поиском нацистских военных преступников. Без систем «Ультра» и «Мэйджик», то есть радиоперехвата и дешифровки, сходных с теми, благодаря которым в годы войны удалось взломать немецкие и японские шифры, американские спецслужбы сразу после войны были почти беспомощны. Кроме того, существовала жесткая конкуренция между Контрразведывательным корпусом с одной стороны и Подразделением стратегических служб, Центральной разведывательной группой и ЦРУ с другой.
