Это фактическое положение дел подтвердилось в ходе Второй мировой войны, когда советские воздушно-десантные войска — организационно подчиненные командованию сухопутных войск — использовались, главным образом, как пехота (возможности советской транспортной авиации также сильно пострадали от атак немецких Люфтваффе). Потребность в способах транспортировки потребовала подчинения Главного управления гражданского воздушного флота (ГУГВФ) Народному комиссариату обороны на следующий день после немецкого нападения. Так, на протяжении всей войны, «Аэрофлот» перевез приблизительно 67 000 человек и сбросил на парашютах еще 45 000 в тылу противника.
Во время войны успех применения советских воздушно-десантных войск был очень неравномерным. Плохо оснащенные и недостаточно вооруженные, они никогда не добивались решающих успехов в крупномасштабных операциях, противостоя немецким танковым частям. Большая часть этих операций окончилась рассеиванием оставшихся в живых солдат и их переходом к партизанской войне. Больше пользы принесли операции небольшого размаха, обычно с поддержкой действий партизан.
Воздушно-десантные войска впервые провели диверсионные операции во время советско-финской войны в ноябре-декабре 1939 года. Тогда речь шла о честолюбивом проекте создания в финском тылу повстанческих формирований с участием местного населения. Ввиду решимости финнов защищаться, эта операция обернулась провалом.
В СССР местные партизанские движения развивались стихийно с момента немецкого нападения 22 июня 1941 года, и уже 29 июня ЦК ВКП(б) СССР решил способствовать созданию партизанского движения. В своей речи, транслировавшейся 3 июля, Сталин призвал формировать партизанские отряды.
Эта идея сначала столкнулась с противодействием Берии, который с недоверием смотрел на бесконтрольное вооружение гражданских лиц на советской территории и потребовал для себя контрольных полномочий над деятельностью партизан. В конце июля насчитывалось уже 1 755 «истребительных батальонов». Эти подразделения по отдельности и без координации вели «охотничью» («истребительную») войну с тыловыми частями немцев. Потому Центральный комитет партии 18 июля принял решение о создании подпольных партийных комитетов на оккупированных территориях и, параллельно, создания специального отдела для координации в штабе каждого войскового соединения Красной Армии.
В конце 1941 года были созданы две «отдельные мотострелковые бригады особого назначения» (ОМСБОН). Состоявшие большей частью из пограничников и окруженные офицерами НКВД и НКГБ, эти бригады предназначались для решения таких задач:
