Надо отметить, что во время более чем полугодичного пребывания «Надежды» в Нагасаки, когда посол Н. П. Резанов был фактически изолирован в доме на берегу, он не терял времени даром и стремился создать у японцев наилучшее представление о России и русских. Усердно занимаясь японским языком, он составил краткое русско-японское руководство и словарь, опубликованный затем в Петербурге, содержащий более 5 тыс слов.
Во время пребывания в Нагасаки Крузенштерн и его офицеры впервые составили карту Нагасакской бухты с подробным ее описанием «Для правильного составления оной измерено было более тысячи углов», — отметил Крузенштерн [15, с 311].
17 апреля 1805 г. «Надежда» покинула Нагасаки. Намерение Крузенштерна плыть обратно на Камчатку между Японией и Кореей явно не нравилось японскому правительству. Но он не изменил своего намерения. «Мне… хотелось употребить следующие три месяца на исследования тех мест, кои Лаперуз, доставивший первые сведения о сих странах, принужден был по краткости времени оставить неизведанными. Зная, что ни он и ни кто другой из европейских мореходцев не определил точного положения всего западного берега Японии (выключая мыс Номо, [обозначавший вход на Нагасакский рейд]), большей части берега Кореи, целого западного берега острова Иессо [о. Хоккайдо], юго-восточного и северо-западного берегов Сахалина, также и многих из островов Курильских, вознамеривался я изведать из сих стран те, кои удобнее при настоящем случае избрать возможно будет» [3, с. 272].
Крузенштерну удалось осуществить важную часть этого обширного плана исследований. Он произвел опись западного и северо-западного побережья Японии, исправил ряд ошибок, допущенных Лаперузом при описании этого района, открыл и нанес на карту множество мысов и бухт — мысы Грейга, Россиян, Гамалея, Надежды, бухта Румянцевская и другие (русские названия на побережье Японии не сохранились). Описал он и ряд участков побережья Сахалина — нанесены были на карту мысы Сенявина, Муловского, Соймонова, залив Мордвинова и другие географические пункты.
Сложная ледовая обстановка не позволила продолжить плавание на север и закончить описание побережья Сахалина Корабль направился к Курильским островам, где были открыты четыре небольших каменных островка, почти не выступавших из воды. Сильное течение возле этих островков делало плавание в этом районе в условиях штормовой погоды и туманов весьма опасным Крузенштерн назвал эти острова Каменными Ловушками и нанес их на карту. Вскоре «Надежда» прибыла на Камчатку, где посол Резанов и сопровождавшие его лица сошли на берег и продолжили плавание к островам Русской Америки на других судах РАК.
