«Надежда» покинула Авачинскую губу 6 сентября, а уже 28 сентября показались берега Японии. Там корабль попал в страшный шторм «Ветер, постепенно усиливаясь, — вспоминал Крузенштерн, — достиг в один час пополудни до такой степени, что мы с великой трудностью и опасностью могли закрепить марсели и нижние паруса, у которых шкоты и брасы, хотя и по большей части новые, были вдруг прерваны. Бесстрашие наших матросов, презиравших все опасности, действовало в сие время столько, что буря не могла унести ни одного паруса. В 3 часа пополудни рассвирепела, наконец, оная до того, что изорвала все наши штормовые стаксели, под коими одними мы оставались. Ничто не могло противостоять жестокости шторма. Сколько я не слыхивал о тайфунах, случающихся у берегов китайских и японских, но подобного сему не мог себе представить. Надобно иметь дар стихотворства, чтобы живо описать ярость оного. Довольно здесь рассказать только о действии его на корабль наш. По изорвании штормовых стакселей мы желали поставить зарифленную штормовую бизань, но сего сделать совершенно было невозможно, и потому корабль оставался без парусов на произвол свирепых волн, которые, казалось, ежеминутно поглотить его угрожали. Каждое мгновение ожидали мы, что полетят мачты. Хорошая конструкция корабля и крепость вант спасла нас от сих бедствий» [3, с. 218].
Но ни штормы, ни необходимость спешить в Японию не заставили Крузенштерна прекратить гидрографические исследования. Он прокладывал курс корабля с таким расчетом, чтобы проверить карты Тихого океана, составленные иностранными путешественниками. Сомневаясь в точности атласа Лаперуза, в котором значилось, что в районе 37° слн. и 214°20′ за находится группа из четырех островов, а несколько южнее еще один остров, Крузенштерн проложил курс корабля так, чтобы «по означенному на картах положению островов придти к середине оных» [3, с 212]. И на этот раз Крузенштерн убедился, что таких островов не существует.
Он уточнил также данные французских карт о положении Ван-Дименова (теперь Осуми у южной оконечности о. Сикоку) пролива и определил точные координаты ряда островов и мысов японского побережья, дав последним названия в честь известных русских мореплавателей и знаменитых морских сражений — мыс Чирикова, мыс Нагаева, мыс Чесмы и другие (русские названия на современных картах не сохранились).
7 октября 1804 г. «Надежда» бросила якорь на рейде Нагасаки. Переговоры посла Резанова закончились безрезультатно из-за категорического нежелания японского правительства налаживать дипломатические отношения и торговлю с Россией. Японцы отказались даже принять подарки японскому императору, доставленные на корабле, ссылаясь на то, «что в сем случае должен был бы и японский император сделать российскому императору взаимные подарки, которые следовало бы отправить в С-Петербург с нарочным посольством Но сие невозможно потому, что государственные законы запрещают отлучаться японцу из своего отечества» [3, с 264].
