Уже тогда, в университете, Кох начинает заниматься чисто научными проблемами: он работает над образованием соли в человеческом организме, над выделением ее мочей. Он начинает посещать клиники и там проявляет любознательность исследователя.
Наконец приблизился докторский экзамен. Кох готовится к нему со всем рвением и в январе 1866 года получает звание доктора с похвальным аттестатом «cum eximia laudae»). Он мечтает осуществить свое давнишнее желание — сделаться морским врачом и путешествовать. Во время своей прогулки с невестой в Гамбурге по набережной он рисует ей заманчивые перспективы своих путешествий; он с жаром рассказывает, как он будет изучать природу, болезни людей; какие прекрасные коллекции он соберет; какое это будет чудесное путешествие вместе с ней. Но его невеста, дочь одного чиновника, весьма холодно его обрывает: она не желает путешествовать; она желает, чтобы он занялся частной практикой, заработал побольше денег; чтобы они жили побогаче и растили послушных детей. «Кухня, дети, церковь» — идеал этой мещанки, не раз отравлявшей жизнь Коха.
Так кончились мечты Коха о заграничных путешествиях, и с высот радужных мечтаний он должен был опуститься на грешную землю и думать о том, как бы ему побольше денег заработать практикой; и эти думы, как мы увидим дальше, в течение многих лет не оставляли его: погоня за практикой коверкала жизнь молодого ученого.
Диплом врача, хотя и «с отличием», не принес радости Коху. Наоборот, он оторвал его от насиженной студенческой скамьи и бросил в водоворот жизни. По наивности Кох вначале хотел подучиться, чтобы иметь больше практики (а в душе он несомненно лелеял мысль заняться и научной работой); с этой целью он смело пускается в поездку в Берлин. Столица произвела на Коха ошеломляющее впечатление: захлебываясь от восторга, он пишет родителям, как он посещает галлереи, музеи, библиотеки, цирки, театры и как он полной грудью вдыхает в себя столичную жизнь. Однако скоро Берлин показал себя и с отрицательной стороны. Бедность давала себя знать. Кох устроился в маленькой комнатке на четвертом этаже. Стал питаться еще хуже, чем в студенческие годы. Но самое главное разочарование его заключалось в том, что он увидел, как трудно получить ему здесь усовершенствование в медицинских науках: «Мои ожидания относительно пользы, которую я надеялся найти здесь в научном отношении, не оправдались», — пишет он своим родным. Он пишет о тяжелом положении больниц в Берлине: так, например, в больнице Шарите лежало около 4 тыс. больных и их осматривали всего 1–2 раза в неделю, притом осматривали бегло; «при нашем обучении самое главное состоит в том, чтобы практикант мог заняться исследованием, между тем 200 практикантов стоят или сидят вдали и почти не видят больного». Кох обращался всюду за местом, был даже в русском посольстве, но ему всюду отвечали, что «теперь мирное время и чрезвычайно трудно найти место».
