Промучившись так в Берлине короткое время, Кох отправился в Гамбург, хотел там поступить ассистентом в хирургическое отделение; усидчиво приготовившись к экзамену, он выдержал его и, однако, опять не получил места — по той же причине: «место получить очень трудно». В это время в Гамбурге разралилась эпидемия холеры. Кох пытался принять участие в противоэпидемической борьбе, начал изучать больных холерой и трупы умерших от холеры. И замечательное дело: уже тогда он обнаружил те холерные бациллы, которые описал впоследствии как возбудителей болезни. Однако и тут более или менее устойчивого места найти не удалось. «Роберту, видимо, не везет», — писала его мать. Наконец, измученный поисками места, он подает заявление на должность врача в убежище для идиотов в местечке Лангенгаген, недалеко от Ганновера. Филантропическое общество, которое ведало тогда этим убежищем, решило учредить там должность заведующего-врача. Однако и это место далось ему не без трудностей. Много недель прошло, пока пришло утверждение его в этой должности. Ему было назначено жалование в 200 талеров и предоставлена квартира в убежище. Так великий ученый, уже тогда проявлявший не только интерес к бактериологии, но и успехи в этой науке, вынужден был сделаться врачом для идиотов. Не нашлось во всей тогдашней Германии ни одного человека, который поддержал бы молодого ученого.
Коху было предоставлено право частной практики в свободное от служебных занятий время. Однако с практикой дело шло чрезвычайно туго. «Я, кроме некоторых легких случаев в самом убежище, ни одного больного не вижу; или здешнее население отличается исключительным здоровьем, или я еще не известен здесь». Он описывает в письме свое более чем скромное существование в убежище и по-детски рассказывает о тех затруднениях, которые ему пришлось встретить при меблировке своей квартиры: как он использовал громадный комод, пару стульев, стол, гардины. Месяца через полтора (28 ноября 1866 г.) он уже пишет более радостное письмо: «Моя практика понемногу улучшается. Вместе со своим жалованьем я уже могу заработать здесь от 500 до 600 талеров; несомненно, — утешает он родителей, — в следующие годы заработок быстро возрастет». Через три месяца он уже пишет своей невесте, что он купил себе лошадь, «обстоятельство немаловажное, ибо уважение ко мне среди здешних крестьян возрасло на 100 процентов с тех пор, как я стал владельцем лошади, и, надеюсь, это скоро скажется на моей практике; в ближайшем письме я дам тебе точное описание моего коня».
