Все в этом человеке импонировало Вирхову: его энциклопедическое образование и смелость, с какой он порывал со своими натурфилософскими предрассудками. Мюллер собственноручно сжег свои первые научные труды, где сквозили ложные натурфилософские идеи. Импонировала Вирхову даже его внешность. Про внешность Мюллера наш знаменитый хирург Н. И. Пирогов, видевший его в Берлине, писал: «Лицо Иоганна Мюллера поражало вас своим классическим профилем, высоким челом и двумя межбровными бороздами, придававшими его взгляду суровый вид и делавшими несколько суровым проницательный взгляд его выразительных глаз. Как на солнце, неловко было новичку смотреть прямо в лицо Мюллеру».
О Мюллере-учителе так отзывались два его знаменитых ученика — Гельмгольц и Дюбуа-Реймон.
Гельмгольц:
— Один человек по преимуществу дал нам энтузиазм в работе в истинно научном направлении — именно физиолог Иоганн Мюллер. Все теории были для него лишь гипотезами, которые подлежат проверке путем фактов и о которых можно судить единственно и только единственно на основании фактов.
Дюбуа-Реймон:
— Так же как он сам стоял всюду на собственных ногах, так и от учеников своих он требовал, чтобы они умели сами себе помочь. Он ставил задачи и давал толчок: в остальном он довольствовался, употребляя химическое сравнение, некоторого рода каталитическим воздействием. Большего не требовалось. Он действовал так, как Гёте выражается о красоте, одним лишь своим присутствием. Его окружало в глазах учеников какое-то демоническое очарование, как Наполеона І в глазах его воинов, и его наполеоновский возглас: («Soldats, l'Empereur a l'oeil sur vous!»). («Солдаты, император взирает на вас!») был достаточен и для нас, чтобы возбудить высшее напряжение сил… Высшею же наградой для нас было, когда Мюллер забывался на миг, оставляя свою суровую серьезность, и пускался в общечеловеческие разговоры и шутки».
Мюллер сразу заметил талантливого молодого ученого Вирхова, приблизил его к себе, стал внимательно следить за ним. «Немногим, как мне, — говорит с гордостью Вирхов, — выпало на долю в каждой важной стадии своего научного развития видеть себя подле нашего учителя. Его рука направляла первые шаги новичка, его устами, как декана, мне присуждена была докторская степень, его теплый взгляд встречал я, когда в его деканство читал мою первую пробную лекцию как приват-доцент. Из большого числа учеников я единственный был призван, по его собственному предложению, занять место рядом с ним в тесном кругу факультета, и мне он добровольно предоставил важную область своих исконных владений».
